LPS诱导WT小鼠肾上腺炎症转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE121051

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尽管肾上腺的激活对我们的生存至关重要，但在脓毒症期间其功能常常受损。关于这一过程所涉及的机制，目前知之甚少。在本研究中，我们采用稳健的RNA测序（RNA-Seq）技术，旨在寻找由细菌脂多糖诱导的全身性炎症所触发的肾上腺新型转录组特征。我们的结果表明，向小鼠注射LPS会引起肾上腺转录组的显著变化，与注射生理盐水的动物相比，8458个基因的表达发生了显著改变。主成分分析显示LPS处理与生理盐水处理之间界限分明，同时各组内生物学样本间差异较小。对LPS上调的4312个基因和下调的4146个基因进行功能分析，结果表明炎症反应和类固醇生成相关基因被强烈诱导，而DNA修复及干/祖细胞通路相关基因则受到抑制。

基因富集集分析（GSEA）进一步验证了功能数据，并表明在LPS介导的干扰素诱导和先天免疫反应中，相关基因存在强烈的聚集，同时还揭示了肾上腺中此前未被探索的低氧激活和Wnt/Shh通路抑制现象。这些结果通过定量PCR分析得到了进一步验证。总体而言，这是首个证明系统性炎症期间肾上腺基因特征发生全局性改变的研究，指出了脓毒症期间肾上腺失调可能涉及的潜在通路。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。