虹鳟乳酸球菌病临床病例脾与头肾差异基因表达数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE101695

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

格氏乳球菌是乳酸球菌病的病原体，这是一种影响海水和淡水鱼类的出血性败血症，在养殖虹鳟中尤为常见且具有重要的经济意义，并存在潜在的人畜共患风险。为了在转录组水平上表征出现乳酸球菌病临床症状的个体中鳟鱼的免疫反应，我们使用先前验证过的免疫聚焦基因设计进行了微阵列分析。对脾脏和肾脏转录组的分析揭示了这两个免疫器官之间不同的转录模式。在脾脏中，首次观察到组织病理学检查结果与表征免疫细胞群体的基因集表达模式之间的相关性。NK细胞、细胞毒性T细胞、Th1和Th2淋巴细胞以及巨噬细胞相关关键基因集的上调与炎症过程以及含有大量内化了格氏乳球菌的巨噬细胞的肉芽肿的存在相关。另一方面，细胞壁肽聚糖似乎是一种重要的抗原，能够诱导宿主中复杂的通路网络、细胞因子产生和反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。