血液基因表达特征预测侵袭性念珠菌病
该数据集来自 omicsdi.org，聚焦宿主对感染的反应，利用小鼠模型构建血液基因表达特征，用于准确分类念珠菌血症小鼠，并将念珠菌血症与金黄色葡萄球菌菌血症区分开
基本信息
资源简介
血液基因表达特征预测侵袭性念珠菌病
该数据集英文名为 Blood Gene Expression Signatures Predict Invasive Candidiasis，来源于 omicsdi.org，主题标签为 Transcriptomics，在本站归类于泌尿生殖系统疾病 / 其他。数据集聚焦宿主对感染的反应，利用小鼠模型构建血液基因表达特征，能够准确分类念珠菌血症小鼠，并将念珠菌血症与金黄色葡萄球菌菌血症区分开来。该特征还在一个独立的小鼠队列中完成了验证。整体来看，该数据集围绕侵袭性念珠菌感染的宿主转录组响应展开，为研究血液基因表达特征在感染鉴别中的应用提供了数据基础。
【数据集背景】
侵袭性念珠菌感染是临床关注的感染类型之一，其早期识别与病原鉴别对诊疗具有重要意义。该数据集的研究着眼点在于宿主对感染的反应，而非仅关注病原本身。研究者采用小鼠模型，旨在开发一种血液基因表达特征，用于准确分类念珠菌血症小鼠，并进一步将念珠菌血症与金黄色葡萄球菌菌血症区分开。这一背景决定了数据集的核心价值在于宿主转录组层面的感染分类与鉴别研究。
【数据内容】
数据集的主题标签为 Transcriptomics，表明其内容属于转录组学范畴。根据源站描述，研究采集小鼠血液并置于 RNA Later（R）中用于 RNA 表达分析，同时收集右肾用于病原负荷分析。血液样本的 RNA 表达分析构成基因表达特征构建与验证的数据基础；右肾组织则用于分析病原负荷。数据涉及的主要分组包括注射生理盐水、白色念珠菌（C. albicans）或金黄色葡萄球菌（S. aureus）的小鼠，并在预设时间点进行取样。
【采集与来源】
数据来源于 omicsdi.org。研究使用 BALB/c 雄性小鼠，分别注射生理盐水、白色念珠菌或金黄色葡萄球菌，并在 24、48、72–96 小时（感染时长）的预设时间点处死取样。血液样本置于 RNA Later（R）中用于 RNA 表达分析，右肾组织用于病原负荷分析。基因表达特征的验证在一个独立的小鼠队列中完成。
【适用场景】
基于源站描述，该数据集适用于宿主对感染反应的转录组研究，尤其是血液基因表达特征用于念珠菌血症分类、以及念珠菌血症与金黄色葡萄球菌菌血症鉴别的场景。其小鼠模型设计与独立队列验证思路，也可为感染宿主响应相关的分类特征研究提供参考。具体应用范围以源站描述为限，源站未提供更多场景说明。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据文件格式、分析流程、特征基因列表或代码等均未在源站描述中体现。使用者需依据源站提供的原始信息自行判断数据组织方式。源站未提供。
【质量与限制】
源站描述提到该特征在独立的小鼠队列中完成了验证，这是其质量方面的积极信息。但需注意，该研究基于小鼠模型，源站未提供其在人类样本中的适用性说明。此外，样本量、测序平台、数据质控指标等信息源站未提供。源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-20524
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究聚焦于宿主对感染的反应，利用小鼠模型构建了一个血液基因表达特征，该特征能够准确地对念珠菌血症小鼠进行分类，并将念珠菌血症与金黄色葡萄球菌菌血症区分开来。该特征在独立的小鼠队列中得到了验证。BALB/c雄性小鼠分别注射生理盐水、白色念珠菌或金黄色葡萄球菌，并在预设的时间点24、48、72-96小时（感染持续时间）处死。血液置于RNA Later ®中用于RNA表达分析，右肾收集用于病原体负荷分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
