近交系小鼠卵母细胞质量与发育潜能的客观分子标准：蛋白质组学研究

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-5013

标准获取流程：

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数据说明

目前对卵母细胞质量和发育潜能的理解认为，随机或表观遗传过程调节着卵子发生过程中卵母细胞内设定的决定因素的作用。这些决定因素被认为在小鼠中相当保守，导致不同品系的小鼠被交替使用。我们挑战了这一假设，并研究了四种近交系小鼠（即129Sv、C57Bl/6、C3H/HeN和DBA/2J）卵母细胞组成与发育质量之间的关系。这些卵母细胞在发育能力及胚胎质量上表现出巨大差异，无论发育刺激方式如何（受精、体细胞核移植、孤雌生殖）。为了揭示所观察表型的分子基础，我们应用了最先进的蛋白质组学（SILAC LC-MS/MS）结合转录组学（RNA深度测序）。我们同时在所有四个品系的卵母细胞中定量了1839种蛋白质和20413个转录本。蛋白质组与转录组之间相关性很小，凸显了蛋白质组定量在胚胎学中的重要性。

我们发现，不同品系卵母细胞间表达差异最大的蛋白质主要与卵母细胞生物学、核糖体及RNA生物发生，以及胚胎分化和染色质重塑相关。因此，在探讨卵子发生和早期发育相关问题时，不同品系的小鼠不应在生物学研究中互换使用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。