哺乳动物与植物中内在无序区限制RNA和组蛋白去甲基化酶基因组靶向的附加数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE305606

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

内在无序区（IDRs）是众所周知的染色质调控促进因子，但其作为调控性限制因素的作用仍未被充分探索。在此，我们揭示哺乳动物ALKBH5的C端IDR将其主要活性锚定于mRNA，从而限制其在小鼠胚胎干细胞（mESCs）中与染色质的结合。IDR缺失使ALKBH5重新定位至染色质相关非编码RNA，驱动广泛的染色质开放和转录激活。这一机制同样适用于组蛋白去甲基化酶，IDR缺失也导致抑制性组蛋白标记的广泛去除，从而增加染色质可及性并激活转座元件。基于这些发现，我们通过对ALKBH5及其植物同源物进行IDR缺失改造，发现过表达这些IDR缺失的ALKBH5去甲基化酶可促进拟南芥根系生长并提高水稻产量。我们的研究揭示了IDR在限制RNA和组蛋白去甲基化酶进入染色质中的保守作用，并建立了一种利用植物蛋白进行作物工程染色质编程的新策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。