牛蜱RNAi基因沉默脱靶效应与优化的微阵列证据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE27453

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

基于微小牛蜱EST的BmiGI.V2数据库构建的NimbleGen牛蜱定制微阵列，被用于筛选经蜱Ubiquitin-63E 600bp dsRNA处理后的蜱所提取的mRNA，并与对照组进行比较。处理后，包括TC6372（Ubiquitin-63E）在内的144个EST表达下调，136个EST表达上调。所得结果证实了基因敲低表型，涉及的EST与泛素蛋白水解以及卵子发生、胚胎发生、脂肪酸合成和应激反应相关。进行了严格的生物信息学分析，以预测由600bp Ubiquitin-63E dsRNA的计算机模拟切割产生的脱靶效应（OTE），在微阵列差异表达探针列表中鉴定出10个下调（包括TC6372）和13个上调的EST。随后使用196bp和109bp dsRNA以及靶向Ubiquitin-63E的短发夹RNA混合物进行的敲低实验显示，dsRNA具有相似的表型，但shRNA处理后无效果。定量实时PCR分析证实了TC6372及预测的脱靶差异表达。

我们的研究证明了利用约100bp的双链RNA产物进行靶向蜱基因敲低的有效性和特异性，且未发现脱靶效应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。