小鼠睾丸和卵巢中Poly(A)尾的Nanopore直接RNA测序综合分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE273264

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

生殖细胞发育，即配子发生，是一个复杂的过程，其功能障碍会导致不育，这已成为全球日益严重的健康和社会问题。在精子发生和卵子发生中，转录后基因表达调控至关重要。基本上，所有mRNA都具有非模板化的poly(A)尾，其组成和动态变化（延长、缩短和修饰）决定了mRNA的命运。在此背景下，我们提供了一个全面的转录组数据集，重点关注小鼠睾丸中mRNA poly(A)尾的代谢。所分析的RNA样本分离自野生型小鼠和缺乏TENT5C聚合酶的转基因小鼠，该聚合酶能够在细胞质中延长poly(A)尾。我们分析了整个睾丸组织以及不同发育阶段的雄性配子（圆形或长形精子细胞）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。