辅助生殖技术引起的DNA甲基化与基因表达变化可被生殖液减少数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.n77r3

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 5.73 GB。

数据说明

自辅助生殖技术(ART)问世以来，出生的儿童数量已超过500万。其中大多数看似健康，但据报道，ART受孕婴儿中缺陷发生率较高，暗示了表观遗传代价。我们报告了首个来自单个猪囊胚的全基因组DNA甲基化数据集，揭示了体内与体外生产胚胎之间的差异。囊胚是在体外条件下，要么不添加(常规体外受精C-IVF)要么添加自然生殖液(Natur-IVF)的情况下生产的。就细胞数量和孵化能力而言，Natur-IVF胚胎的质量高于C-IVF。RNA测序和DNA甲基化分析显示，Natur-IVF胚胎的表达和甲基化模式更接近体内囊胚。参与重编程、印记和发育的基因受到培养条件的影响，而Natur-IVF胚胎中的异常较少。甲基化分析在C-IVF中检测到甲基化变化，但在Natur-IVF中未检测到，这些变化发生在如IGF2R和NNAT等甲基化可能至关重要的基因上。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。