RNA相互作用蛋白网络调控哺乳动物原始生殖细胞多能性（Dazl UV RNA-IP）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-39541

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

原始生殖细胞（PGCs）是卵子和精子的胚胎前体。当从胚胎性腺中取出时，PGCs能够产生胚胎生殖细胞系（EGs），这是一种多能干细胞，展现出胚胎干细胞（ESCs）的大部分特征，包括形成畸胎瘤和促进嵌合体形成的能力。在小鼠中，EG细胞可在胚胎发育的E8.5至E12.5期间衍生，此时PGCs经历性别分化，在雄性中转变为单能性腺细胞。Dazl是一种生殖细胞特异性的RNA结合蛋白，在发育中的PGCs中特异性表达，并且是生殖细胞正常发育所必需的。Dazl基因敲除小鼠不育，但这一表型背后的分子机制仍不清楚。在此，我们证明Dazl定位于哺乳动物PGCs中的颗粒结构，而非ESCs中。我们证明Dazl在一个大型mRNA/蛋白质相互作用网络中发挥核心作用，该网络包括脆性X家族RNA结合蛋白的成员。

我们证明，Dazl和Fxr1在这些颗粒中发挥核心作用，并直接调控特定核心多能性因子的翻译，包括Sox2和Suz12。通过RNA-IP微阵列分析，鉴定了在原始生殖细胞中与Dazl特异性相互作用的RNA种类。该数据集包含来自体外PGC裂解物的UV交联RNA-IP数据。实验使用表达Dazl-GFP-V5的体外衍生原始生殖细胞进行UV交联RNA-IP（抗GFP和抗PABP1）。输入总RNA和polyA结合蛋白1（PABP1）IP用作对照。对照和IP富集的RNA样品通过Agilent小鼠全基因组4X44K单色微阵列进行分析。每种条件进行了两次重复。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。