人类多生牙牙髓单核RNA测序数据集
该数据集提供人类多生牙牙髓的首个单核RNA测序图谱,来源于NCBI GEO数据库,包含1个文件GSE306937_series_matrix.txt.gz

基本信息
资源简介
人类多生牙牙髓单核RNA测序数据集
GSE306937 是一个聚焦人类多生牙牙髓组织的单核RNA测序数据集,由 In-Ryoung Kim 提交,收录于 NCBI GEO 数据库,本站将其归类于口腔疾病/其他方向。该数据集提供了人类多生牙牙髓的首个单核RNA测序图谱,旨在刻画这一罕见牙髓组织中的细胞与分子特征,为牙髓生物学、牙源性干细胞以及再生牙科等后续研究提供基础资源。数据集包含 1 个文件,即 GSE306937_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及高通量测序表达谱分析、平台 GPL34284 以及物种编号 9606。
【数据集背景】
多生牙在临床上属于较为罕见的情况,其牙髓组织可能具有不同于常规牙齿的细胞组成和分子特征。然而,针对人类多生牙牙髓的高通量单细胞核水平研究此前较为缺乏。该数据集正是为填补这一空白而建立,提供了人类多生牙牙髓的首个单核RNA测序图谱。通过这一资源,研究者可以更系统地观察多生牙牙髓中的细胞类型与表达特征,从而推动对牙髓生物学、牙源性干细胞特性以及再生牙科应用的深入理解。源站描述指出,该资源将有助于未来相关领域的研究。
【数据内容】
该数据集的核心内容是人类多生牙牙髓的单核RNA测序表达谱。数据集包含 1 个文件,文件名为 GSE306937_series_matrix.txt.gz,属于 GZIP 压缩格式。主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”,表明数据通过高通量测序技术获取表达谱信息;平台标识为 GPL34284;物种标识为 9606,对应人类。数据集标题与英文名称均为“Single-nucleus RNA-seq of human supernumerary tooth pulp”,直接点明了组织类型与测序策略。除上述文件与标签信息外,源站未提供更详细的样本数量、细胞数目、基因数目或测序深度等具体指标。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI GEO 数据库,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据由 In-Ryoung Kim 提交,发布时间为 Sep 02 202。数据集的主题标签中包含 GPL34284 平台信息和 9606 物种信息,说明数据基于特定高通量测序平台并针对人类样本产生。关于样本采集的具体地点、伦理审批信息、供体年龄与性别等临床背景,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于牙髓生物学、牙源性干细胞以及再生牙科等研究方向。由于提供了人类多生牙牙髓的单核RNA测序图谱,它可用于探索多生牙牙髓中可能的细胞类型组成与分子特征,也可作为后续实验研究的参考资源。对于关注罕见牙齿组织、牙髓细胞异质性或再生医学应用的研究者,该数据集具有潜在的使用价值。此外,该数据亦可作为高通量测序表达谱分析的教学或方法学参考,但具体分析目标需结合研究者自身问题确定。
【使用方法】
使用该数据集时,可先下载数据文件 GSE306937_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包,读取前需按相应格式进行解压或直接以支持 GZIP 的方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认数据格式、样本标识和表达值编码无误后,再批量接入后续分析流程。由于数据集仅包含 1 个文件,使用时应以该文件为主要数据载体,结合平台 GPL34284 的注释信息进行基因或转录本层面的解读。源站未提供具体的分析流程或代码示例。
【质量与限制】
该数据集为单核RNA测序表达谱,主题标签明确指向高通量测序表达谱分析。其文件数量为 1,文件样例为 GSE306937_series_matrix.txt.gz。关于数据质量指标,如测序质量、细胞核捕获效率、批次效应或重复性等,源站未提供。该数据集聚焦于人类多生牙牙髓,样本来源可能较为有限,因此在外推至其他牙髓组织或一般人群时需谨慎。此外,源站未提供详细的临床元数据、样本处理方案或质量控制参数,使用者在解释结果时应考虑这些限制。
【引用与许可】
该数据集的作者为 In-Ryoung Kim,发布时间为 Sep 02 202。来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,数据集英文名称为 GSE306937: Single-nucleus RNA-seq of human supernumerary tooth pulp。关于引用方式、许可协议或使用条款,源站未提供。使用者在发表相关成果时,应遵循 NCBI GEO 数据库及数据提交者所规定的引用与使用规范,具体信息需查阅源站页面。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306937
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集提供了首个人类多生牙牙髓的单核RNA测序图谱。多生牙较为罕见,其牙髓组织可能具有独特的细胞和分子特征。这一资源将有助于未来对牙髓生物学、牙科干细胞及再生牙科的研究。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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