DUHi与FVB小鼠上下颌第一磨牙帽状期牙胚基因表达比较研究

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE135432

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集旨在比较两种小鼠品系DUHi和FVB发育中的下第一磨牙与上第一磨牙的基因表达。我们研究了磨牙牙胚的早期帽状期，寻找促进牙齿形成的激活-抑制机制的差异。在FVB与参考品系C57B6之间共有19202个基因，并且这些基因具有MGI注释。在这些基因中，有2234个基因（11.6%）在映射到参考品系C57B6与映射到FVB品系之间表现出显著的表达差异（DESeq2，校正P值<0.05，考虑到映射效应，即12个重复样本）。这可能是由于小鼠品系间的序列差异导致的映射假象。这些基因被移除，剩余的16,968个基因保留用于进一步分析。在上下磨牙中，发现3619个基因在两个品系间存在差异表达（颌骨+品系）

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。