Wdr68 介导颅面发育的背腹模式化事件

该数据集来自 plos.figshare.com,围绕 Wdr68 在颅面发育背腹模式化中的作用,包含 5 个补充图文件(S1–S5 Fig.tif),配套论文发表于 PLOS ONE(2016)

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2023-06-01 更新
浏览 17
时间序列分类scaffolding protein Wdr 68wdr 68 mutantsVentral Patterning Eventsventral 1 st arch CNCC territoryedn 1 functionscraniofacial developmentWdr 68 Mediates Dorsaldlx 1awdr 68grem 2 expressionjag 1bwdr 68 activity
Wdr68 Mediates Dorsal and Ventral Patterning Events for Craniofacial Development

基本信息

模态
时间序列
大小
0.022170372 GB
任务类型
分类
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2023-06-01
版本
v1

资源简介

Wdr68 介导颅面发育的背腹模式化事件

Wdr68 Mediates Dorsal and Ventral Patterning Events for Craniofacial Development

该数据集来自 plos.figshare.com,围绕 Wdr68 在颅面发育背腹模式化中的作用,包含 5 个补充图文件(S1–S5 Fig.tif),配套论文发表于 PLOS ONE(2016)。研究关注 BMP、Edn1 与 Jag1b 信号通路在斑马鱼颅神经嵴细胞背腹轴模式化中的交叉调控,以及 wdr68 突变对 edn1 表达、腹侧 Meckel 软骨与背侧 Palatoquadrate 形成的影响。数据可用于颅面发育机制研究、口颌系统疾病与牙面异常相关信号通路分析,以及背腹模式化事件的分类与比较研究(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

配套论文《Wdr68 Mediates Dorsal and Ventral Patterning Events for Craniofacial Development》发表于 PLOS ONE(2016),DOI:10.1371/journal.pone.0166984。源站首次发布:2016-11-23。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):出生缺陷是婴儿死亡的主要原因之一,并显著导致疾病和长期残疾。骨形态发生蛋白(BMP)信号缺陷与唇裂/腭裂相关。许多颅面综合征由沿背腹轴模式化颅神经嵴细胞(CNCCs)的信号通路缺陷引起。例如,耳髁综合征由内皮素-1(Edn1)信号受损引起,Alagille 综合征由 Jagged-Notch 信号缺陷引起。BMP、Edn1 和 Jag1b 通路相互交叉,因为 BMP 信号是腹侧 edn1 表达所必需的,而 edn1 表达反过来将 jag1b 限制在背侧 CNCC 区域。在斑马鱼中,支架蛋白 Wdr68 是 edn1 表达以及随后腹侧 Meckel 软骨和背侧 Palatoquadrate 形成所必需的。在此我们报告 wdr68

【数据结构与技术规格】

文件数 5 个,合计 22.17 MB。数据集 DOI:10.1371/journal.pone.0166984。

【主题与分类】

源站学科分类:Biochemistry、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Chemical Sciences not elsewhere classified、Immunology。主题标签:scaffolding protein Wdr 68、wdr 68 mutants、Ventral Patterning Events、ventral 1 st arch CNCC territory、edn 1 functions、craniofacial development、Wdr 68 Mediates Dorsal、dlx 1a、wdr 68、grem 2 expression。本站分类:口颌系统疾病/牙面异常。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Biochemistry、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology、Chemical Sciences not elsewhere classified、Immunology。

【获取与许可】

源站页面:https://plos.figshare.com/articles/dataset/Wdr68_Mediates_Dorsal_and_Ventral_Patterning_Events_for_Craniofacial_Development/4255397

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Alvarado, Estibaliz; Yousefelahiyeh, Mina; Alvarado, Greg; Shang, Robin; Whitman, Taryn; Martinez, Andrew; et al. (2016). Wdr68 Mediates Dorsal and Ventral Patterning Events for Craniofacial Development. PLOS ONE. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-01,引用时请注意版本时效。

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使用方式

数据集获取(Figshare)

命令行下载

curl -L -o "S1 Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/6936509"
curl -L -o "S2 Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/6936524"
curl -L -o "S3 Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/6936533"
curl -L -o "S4 Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/6936536"
curl -L -o "S5 Fig.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/6936551"

文件清单

  • S1 Fig.tif(3.90 MB)
  • S2 Fig.tif(6.14 MB)
  • S3 Fig.tif(4.28 MB)
  • S4 Fig.tif(3.80 MB)
  • S5 Fig.tif(4.05 MB)

文件总体积 22.17 MB(源站 API 实测)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

出生缺陷是婴儿死亡的主要原因之一,并显著导致疾病和长期残疾。骨形态发生蛋白(BMP)信号传导缺陷与唇裂/腭裂相关。许多颅面综合征是由沿背腹轴模式化颅神经嵴细胞(CNCCs)的信号通路缺陷引起的。例如,耳髁综合征是由内皮素-1(Edn1)信号传导受损引起的,而Alagille综合征则是由Jagged-Notch信号传导缺陷所致。BMP、Edn1和Jag1b通路相互交叉,因为BMP信号是腹侧edn1表达所必需的,而edn1表达反过来将jag1b限制在背侧CNCC区域。在斑马鱼中,支架蛋白Wdr68是edn1表达及随后腹侧梅克尔软骨和背侧腭方软骨形成所必需的。在此我们报告,wdr68活性在17个体节至prim-5阶段之间是必需的,edn1在wdr68下游发挥作用,并且wdr68活性限制了腹侧CNCC区域中jag1b、hey1和grem2的表达。

在wdr68突变体中,前背侧和腹侧第一鳃弓CNCC区域内dlx1a和dlx2a的表达也严重减少。我们还发现,BMP激动剂异甘草素(ISL)能够部分挽救wdr68突变体的下颌形成和edn1表达。然而,我们在wdr68突变细胞或斑马鱼中未观察到BMP报告基因诱导或pSmad1/5积累的显著缺陷。已知转化生长因子β(TGF-β)信号通路对颅面发育也至关重要,并且能够干扰BMP信号传导。在此,我们进一步报告,与对照细胞相比,wdr68突变细胞中TGF-β对BMP信号的干扰更为严重。为了确定这种干扰是否也在体内发挥作用,我们用TGF-β信号抑制剂SB431542处理wdr68突变斑马鱼胚胎,发现edn1表达和颅面发育得到部分挽救。虽然ISL处理无效,但SB431542部分挽救了wdr68突变体中dlx2a的表达。综上所述,这些发现揭示了Wdr68在BMP-Edn1-Jag1b信号层级中的间接作用以及背-

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0166984(source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Wdr68_Mediates_Dorsal_and_Ventral_Patterning_Events_for_Craniofacial_Development/4255397)。

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