正常与炎症人类皮肤中的噬菌体组

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Ac8b265bfe7fb16423258ff1053ac40cd4761a8e0a45d282eaa072f5140ae1cad

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

皮肤微生物群失调驱动特应性皮炎（AD）的进展。噬菌体对正常皮肤和炎症皮肤中细菌群落组成的贡献尚不清楚。利用对健康个体和AD患者皮肤拭子的鸟枪法宏基因组学，我们发现了13586个潜在的病毒连续DNA序列，这些序列可组合成164个推定病毒基因组，包括133个推定噬菌体。病毒宏基因组组装基因组（vMAGs）的Shannon多样性指数与AD无相关性。我们总共鉴定出28个在正常皮肤和AD皮肤之间存在显著差异的vMAGs。对三个完整vMAGs的qPCR验证显示其独立于宿主细菌丰度。我们的数据表明，正常皮肤和炎症皮肤具有不同的噬菌体组，并提示病毒和细菌群落变化之间的因果关系是皮肤病理的驱动因素。样本采集于2020年至2022年间。每位参与者在肘部腹侧5x5 cm区域采集两个皮肤拭子，DNA使用QIAmp DNA Microbiome Kit（Qiagen，德国）并经过一些方案修改进行分离。

简言之，棉签（Raucotupf，AT）在采样皮肤前先用无菌生理盐水（0.9% NaCl，Braun，GER）预湿。两根棉签均在装有1 ml PBS和0.5 ml真核细胞裂解缓冲液的Eppendorf管中旋转，该缓冲液可裂解人体细胞，但不损伤细菌和病毒。样品在室温下旋转2小时，随后进行核酸酶处理以去除真核细胞裂解所释放的人源DNA。所有后续步骤均按制造商方案进行。分离的DNA提交至联合微生物组设施进行文库制备和宏基因组鸟枪法测序。简言之，提取的DNA经酶促片段化，随后通过接头和索引连接制备文库……分析代码可在GitHub获取：https://github.com/Mwielscher/AD_phageDi

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。