稳态成人人类皮肤单细胞与空间转录组分析
该数据集来自 omicsdi.org，包含稳态成人人类皮肤的单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组（ST）数据，并与小鼠皮肤数据进行比较
基本信息
资源简介
稳态成人人类皮肤单细胞与空间转录组分析
该数据集聚焦稳态成人人类皮肤，整合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组（ST）数据，并与小鼠皮肤数据进行比较分析。表皮稳态由角质形成细胞增殖与分化之间的平衡所主导，同时受细胞间相互作用的影响，但这一平衡在物种间是保守还是存在差异、失衡又如何参与皮肤疾病，此前在很大程度上尚未明确。该数据集正是围绕上述问题构建，利用匹配的空间转录组信息改进人类皮肤细胞类型注释，突出空间背景在细胞身份判定中的重要性，并借助空间转录组优化细胞通讯推断。在跨物种分析中，研究识别出具有增殖能力并携带重金属加工特征的人类棘层角质形成细胞亚群，该亚群在小鼠中缺失，可能解释表皮方面的物种差异。数据集在站内归入皮肤疾病／其他分类，主题标签为Other。
【数据集背景】
表皮稳态的维持依赖角质形成细胞增殖与分化之间的平衡，细胞间相互作用也参与其中。然而，调控这一平衡的机制在物种之间是否保守、是否存在差异，以及平衡失调如何促成皮肤疾病，此前大部分尚未明确。为回答这些问题，需要将人类皮肤的单细胞转录组信息与空间位置信息结合起来，并与小鼠皮肤数据对照，从而在细胞类型身份、细胞通讯和跨物种差异等层面获得更完整的认识。该数据集即在这一研究背景下产生。
【数据内容】
数据集包含稳态成人人类皮肤的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据与空间转录组（ST）数据，二者被整合分析，并与小鼠皮肤数据进行比较。利用匹配的ST数据改进了人类皮肤细胞类型注释，说明空间背景对细胞类型身份判定具有重要作用；ST还用于优化细胞通讯推断。跨物种分析识别出人类棘层角质形成细胞的一个亚群，该亚群表现出增殖能力并带有重金属加工特征，在小鼠中不存在，可能解释表皮方面的物种差异。数据的具体样本数量、测序平台、基因数量、空间分辨率等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。其英文名称为Single-cell and spatial transcriptomic analysis of homeostatic adult human skin。除来源站与上述描述外，样本采集地点、供者信息、伦理审批信息及原始数据存放位置等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于皮肤生物学与皮肤疾病相关研究，尤其是围绕表皮稳态、角质形成细胞增殖与分化平衡、细胞间相互作用与细胞通讯推断的研究。由于同时包含单细胞转录组与空间转录组，并配有跨物种比较设计，可用于细胞类型注释方法评估、空间背景对细胞身份判定影响的探讨，以及人类与小鼠皮肤机制差异的比较分析。对于识别人类特有的棘层角质形成细胞亚群及其重金属加工特征相关研究，也具有参考价值。具体分析流程与参数配置，源站未提供。
【使用方法】
使用时可围绕单细胞RNA测序数据与空间转录组数据的整合展开，利用匹配的ST信息辅助细胞类型注释并优化细胞通讯推断，再将人类数据与小鼠皮肤数据进行比较以识别物种间差异。数据的具体下载方式、文件格式、预处理步骤与分析工具，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于稳态成人人类皮肤，并与小鼠数据比较，其结论受物种差异与稳态条件所限。关于数据质量评估指标、批次效应处理、细胞类型注释的置信度、空间转录组分辨率限制等，源站未提供。使用时应注意研究结论的适用范围，不宜外推至疾病状态或其他物种而未经验证。
【引用与许可】
该数据集的引用方式与许可信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE173651
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
表皮稳态由角质形成细胞增殖与分化之间的平衡所调控，并受细胞间相互作用的贡献，但 governing 这一平衡的保守或 divergent 机制在不同物种间，以及失衡如何导致皮肤疾病，在很大程度上尚未明确。为解决这些问题，将人类皮肤单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据进行整合，并与小鼠皮肤数据进行比较。通过使用匹配的ST数据，改进了人类皮肤细胞类型注释，突显了空间背景在细胞类型身份中的重要性，并且ST refined 细胞通讯推断。在跨物种分析中，我们鉴定出一个人体棘层角质形成细胞亚群，该亚群表现出增殖能力和重金属加工特征，这在小鼠中不存在，可能解释了表皮厚度的物种差异。该人类亚群在银屑病和锌缺乏性皮炎中扩增，证明了疾病相关性，并提示亚群功能障碍作为疾病标志的范式。
为了评估皮肤疾病的其他潜在亚群驱动因素，我们在遗传性皮肤病中进行了细胞起源富集分析，提名了致病细胞亚群及其通讯途径，这凸显了多个潜在的治疗靶点。这一整合数据集被纳入一个公开可用的网络资源中，以促进对正常及病变皮肤的机制和转化研究。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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