健康对照者臀部皮肤暴露于太阳模拟辐射的RNA测序
该数据集来自omicsdi.org,包含健康对照者臀部皮肤在暴露于单次低剂量太阳模拟紫外线辐射后的RNA测序数据。研究采集未暴露皮肤及暴露后30分钟、3小时、24小时和72小时的皮肤活检样本,共6名健康对照者进行免疫组化评估,其中4名进行RNA测序分析

基本信息
资源简介
健康对照者臀部皮肤暴露于太阳模拟辐射的RNA测序
该数据集收录的是健康对照者臀部皮肤在暴露于太阳模拟紫外线辐射(SSR)后的RNA测序数据,来源于omicsdi.org,归类于皮肤疾病/其他方向,主题标签为Transcriptomics。研究关注的是皮肤在接受单次低剂量(生理剂量)太阳模拟紫外线照射后所发生的转录组层面变化,并以未暴露皮肤作为对照。样本采集时间点覆盖照射后30分钟、3小时、24小时和72小时,共纳入6名健康对照者进行免疫组化评估,其中4名健康对照者的样本进一步开展了RNA测序分析。整体而言,该数据集为研究紫外线辐射对正常人体皮肤早期及中期分子响应提供了转录组学资源。
【数据集背景】
该研究的总体目标在于探讨光皮肤病(包括日光性荨麻疹和光加重性特应性皮炎)在暴露于太阳模拟紫外线辐射后所发生的皮肤细胞与分子事件。本数据集所包含的并非光皮肤病患者的样本,而是健康对照者(HC)部分,用于作为对照参照,帮助理解正常皮肤在相同辐射条件下的反应。通过设置未暴露皮肤与暴露后多个时间点的配对比较,研究试图刻画紫外线照射后皮肤转录活动的动态变化过程。
【数据内容】
数据集的核心内容为健康对照者臀部皮肤的RNA测序数据。研究采集了未暴露皮肤以及暴露于单次低剂量太阳模拟紫外线辐射后的皮肤活检样本,暴露后时间点分别为30分钟、3小时、24小时和72小时。样本来自6名健康对照者,这些样本接受了免疫组化评估;其中4名健康对照者的样本进行了RNA测序分析。主题标签为Transcriptomics,表明数据以转录组学测量为主。
【采集与来源】
样本采集部位为人体臀部皮肤,采集方式为皮肤活检。辐射条件为单次低剂量(生理剂量)的太阳模拟紫外线辐射。对照样本取自未暴露皮肤,暴露样本则按30分钟、3小时、24小时和72小时四个时间点采集。数据来源站为omicsdi.org。关于具体的测序平台、文库构建方法、测序深度、读长、试剂型号等信息,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与紫外线辐射相关的皮肤转录组研究,例如作为健康对照参照,用于比较光皮肤病样本在相同太阳模拟紫外线辐射条件下的分子差异;也可用于研究正常人体皮肤在单次低剂量紫外线暴露后不同时间点的基因表达动态变化。由于包含未暴露与多个暴露后时间点的配对设计,该数据可用于时间序列表达分析。关于其在药物开发、临床诊断或特定生物标志物发现中的直接应用,源站未提供。
【使用方法】
该数据集以RNA测序数据形式提供,可用于转录组层面的差异表达分析、时间点比较分析等。使用时可结合免疫组化评估结果进行参照,但需注意免疫组化评估覆盖6名健康对照者,而RNA测序分析仅覆盖其中4名。关于数据的具体文件格式、下载方式、预处理流程、参考基因组版本、标准化方法等,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集的样本量较小,健康对照者总数为6名,其中仅4名进行了RNA测序分析,这可能限制统计功效与结论的普适性。样本类型为臀部皮肤活检,暴露条件为单次低剂量太阳模拟紫外线辐射,时间点覆盖30分钟、3小时、24小时和72小时。关于测序质量指标、批次效应、重复性验证、缺失值情况等,源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、原始文献、作者列表、发表期刊、DOI以及使用许可条款等信息,源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-12218
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- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究旨在探究光线性皮肤病(包括日光性荨麻疹和光加重性特应性皮炎)在模拟日光紫外线辐射(SSR)暴露后的皮肤细胞和分子事件,该数据集包含健康对照(HC)。在n=6名健康对照中,分别于暴露后30分钟、3小时、24小时和72小时,从未暴露皮肤及暴露于单次低剂量(生理剂量)SSR的皮肤处取皮肤活检。活检样本通过免疫组织化学(n=6名健康对照)和RNA测序分析(n=4名健康对照)进行评估。
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