前瞻性深度表型银屑病队列在adalimumab或ustekinumab靶向治疗期间的皮肤与血液样本RNA-Seq研究
该数据集来自PSORT联盟前瞻性招募的深度表型银屑病发现与细化队列，覆盖患者在adalimumab（TNF抑制剂）或ustekinumab（IL-12/23抑制剂）治疗早期阶段的皮肤与血液样本RNA-Seq数据
基本信息
资源简介
前瞻性深度表型银屑病队列在adalimumab或ustekinumab靶向治疗期间的皮肤与血液样本RNA-Seq研究
该数据集为一项针对银屑病的RNA-Seq研究，来源于Psoriasis Stratification to Optimise Relevant Therapy（PSORT）联盟前瞻性招募的深度表型银屑病发现与细化队列。研究覆盖患者在adalimumab（TNF抑制剂）或ustekinumab（IL-12/23抑制剂）两种不同生物制剂治疗早期阶段的皮肤与血液样本RNA-Seq数据。依托这一大规模多维数据集，研究旨在识别与特定疾病内型相关的转录本，这些内型由治疗开始前（基线）的临床与表型特征定义；同时识别由银屑病面积与严重程度指数（PASI）相关基因表达谱定义的疾病严重程度内型。该数据集属于皮肤疾病/其他分类，主题标签为Transcriptomics，来源站为omicsdi.org。
【数据集背景】
该数据集依托PSORT联盟开展。PSORT联盟前瞻性招募了深度表型的银屑病发现与细化患者队列，覆盖患者在两种作用机制不同的生物制剂——adalimumab（TNF抑制剂）与ustekinumab（IL-12/23抑制剂）——治疗早期阶段的样本。研究的核心目标在于利用这一大规模多维数据集，识别与特定疾病内型相关的转录本。这些内型由治疗开始前的临床与表型特征定义；同时，研究还关注由PASI相关基因表达谱定义的疾病严重程度内型。这一设计体现了以深度表型分层为导向的研究思路，即在治疗前基线特征的基础上，结合治疗早期的转录组变化，探索与疾病亚型相关的分子标志。
【数据内容】
数据集包含皮肤与血液样本的RNA-Seq数据，样本来自接受adalimumab或ustekinumab治疗早期阶段的银屑病患者。数据覆盖发现与细化两个队列。转录组数据用于识别与疾病内型相关的转录本，内型划分依据为治疗前基线的临床与表型特征；同时用于分析与PASI相关的基因表达谱，以刻画疾病严重程度内型。主题标签为Transcriptomics。关于样本量、测序平台、测序深度、基因表达矩阵的具体格式等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于omicsdi.org。样本由PSORT联盟前瞻性招募的深度表型银屑病发现与细化队列产生，采集时间为患者接受adalimumab或ustekinumab治疗早期阶段，样本类型包括皮肤与血液。关于采集中心、采集时间跨度、伦理审批信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于银屑病转录组学研究，尤其是与生物制剂治疗早期反应相关的分子机制探索。可用于识别与临床及表型特征定义的疾病内型相关的转录本，也可用于分析与PASI相关基因表达谱所定义的疾病严重程度内型。由于同时涵盖皮肤与血液两类样本，并涉及两种作用机制不同的生物制剂，该数据可用于比较不同治疗背景下的转录组特征。关于具体分析流程或已验证的下游应用，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明，包括数据下载方式、文件格式、预处理步骤与分析工具等。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、批次效应、缺失值处理或样本排除标准等信息。使用时应关注队列来源、样本类型与治疗背景等已知设计特征对分析结果的影响。其他质量与限制信息，源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-14509
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
银屑病分层优化相关治疗（PSORT）联盟前瞻性招募了深度表型化的发现队列和细化队列银屑病患者，这些患者在两种不同生物制剂——阿达木单抗（TNF抑制剂）和乌司奴单抗（IL-12/23抑制剂）——治疗早期阶段接受观察。利用这一大型多维数据集，我们旨在识别与特定疾病内型相关的转录本，这些内型由治疗开始前（基线）的临床和表型特征定义；以及与疾病严重程度内型相关的转录本，后者由银屑病面积和严重程度指数（PASI）相关的基因表达谱定义。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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