PRJNA1247589：化脓性汗腺炎早期与晚期空间转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1247589

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：化脓性汗腺炎（HS）是一种慢性炎症性皮肤病，以反复发作的炎性结节、脓肿形成和窦道形成为特征。目前的生物制剂治疗临床获益有限，凸显了深入理解驱动HS发病的免疫机制的必要性。目的：我们旨在全面刻画早期和晚期HS的免疫图谱。方法：采用空间转录组学分析了来自15例早期和晚期HS患者的总共皮肤活检样本，其中6例患者的样本进一步采用单细胞RNA测序（scRNA-seq）进行分析。在空间转录组学中将基因表达谱与聚合性痤疮的表皮上皮进行比较，在scRNA-seq中将基因表达谱与银屑病样本作为对照进行比较。结果：空间转录组学揭示了从HS早期阶段即存在广泛的真皮免疫激活，包括显著的B细胞特征（免疫球蛋白、CD19、MS4A1）、中性粒细胞浸润（CD177、MPO、ELANE）以及强烈的IL-23/IL-17轴，并富集表达T17诱导转录本（TGFB3、RUNX1、BATF）和T17细胞因子（IL17A、IL17F、IL21）。

ScRNA-seq证实HS中存在显著的血浆细胞和B细胞扩增，并鉴定出潜在的多功能B细胞，其除在抗原呈递和抗体产生中发挥作用外，还表达促炎细胞因子（IL7、IL16）。此外，T细胞被鉴定为B细胞趋化因子CXCL13的主要产生者。结论：HS表现出早期且持续的免疫激活，其特征为B细胞富集、IL-23/IL-17轴激活以及延伸至深真皮的中性粒细胞性炎症。这些发现凸显了HS自发病起即具有侵袭性特征，提示早期靶向IL-23/IL-17轴及B细胞介导的炎症可能阻止疾病进展。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。