基本信息

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创建/更新时间

2026-10-14

资源简介

PRJNA1052380：正常与病变皮肤多位点来源的Cutibacterium acnes基因组测序与组装

PRJNA1052380 是一个聚焦于皮肤微生物基因组学的公开数据集，其全称为“Genome sequencing and assembly of Cutibacterium acnes derived from multiple sites in normal and diseased skin”。该数据集的核心目标在于比较健康个体、特应性皮炎（AD）患者以及痤疮患者体内及个体之间 Cutibacterium acnes（C. acnes）的遗传异质性。通过采集正常皮肤与病变皮肤多个部位的样本，该数据集为研究 C. acnes 在不同皮肤状态下的基因组差异提供了基础数据。数据集来源于 ebi.ac.uk，在分类上属于皮肤疾病 / 其他领域，适合对皮肤微生物组、痤疮与特应性皮炎相关微生物遗传变异感兴趣的研究者使用。

【数据集背景】

Cutibacterium acnes 是一种常见于人类皮肤表面的革兰氏阳性厌氧菌，与多种皮肤疾病的发生发展密切相关。痤疮和特应性皮炎是两种常见的皮肤疾病，其病理机制涉及皮肤微生物群落的失衡。然而，C. acnes 在健康与疾病状态下的遗传异质性尚需系统比较。该数据集正是为了回应这一问题而建立，旨在通过基因组测序与组装，揭示 C. acnes 在健康个体、AD 患者和痤疮患者之间的遗传差异，以及同一个体不同皮肤部位之间的菌株多样性。这一背景使得该数据集在皮肤微生物学、皮肤病学以及微生物基因组学交叉领域具有明确的研究价值。

【数据内容】

该数据集包含来自正常皮肤和病变皮肤多个部位的 Cutibacterium acnes 的基因组测序与组装数据。具体而言，数据内容涉及对 C. acnes 菌株的基因组序列进行测定和拼接，从而获得可用于比较分析的基因组信息。数据集的设计允许研究者比较健康个体、AD 患者和痤疮患者个体内部及个体之间的遗传异质性。关于样本的具体数量、测序深度、组装质量指标、基因组大小或基因注释等详细信息，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。样本采集自正常皮肤和病变皮肤的多个部位，涉及健康个体、特应性皮炎患者和痤疮患者三类人群。采集的具体部位名称、采样时间、地理区域、伦理审批信息以及样本处理流程等细节，源站未提供。数据通过基因组测序和组装获得，但具体的测序平台、建库方法和组装软件等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于以下研究场景：比较不同皮肤状态下 C. acnes 的遗传异质性；分析同一个体不同皮肤部位之间 C. acnes 菌株的基因组差异；探索健康个体、AD 患者和痤疮患者之间 C. acnes 种群结构的差异；以及作为皮肤微生物基因组学研究的参考数据。此外，该数据集也可用于方法学评估，例如测试新的基因组组装或比较基因组学流程在皮肤微生物样本上的表现。由于数据集明确涉及正常与病变皮肤的多个部位，因此特别适合研究疾病相关微环境对 C. acnes 基因组多样性的影响。

【使用方法】

使用者可通过来源站 ebi.ac.uk 访问该数据集。具体的数据下载方式、文件格式、访问链接以及是否需要注册或申请权限等信息，源站未提供。建议使用者在获取数据后，结合标准的微生物基因组分析流程进行质量控制、组装评估和比较基因组分析。由于数据集涉及多个个体和多个皮肤部位，分析时应注意区分个体内与个体间的变异来源。关于是否提供配套的分析脚本、元数据表格或可视化工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于基因组测序与组装，其质量取决于原始测序数据的质量、组装完整度以及样本的代表性。然而，关于测序质量指标（如 Q30、覆盖度）、组装指标（如 N50、contig 数量）、污染评估以及样本重复性等信息，源站未提供。此外，该数据集仅涵盖 C. acnes 这一物种，不涉及其他皮肤微生物。由于样本来自健康个体、AD 患者和痤疮患者，但具体的样本量、年龄、性别、疾病严重程度等临床信息，源站未提供，因此使用者在解释结果时需注意这些潜在混杂因素。数据集可能存在的批次效应或技术偏差，源站未提供相关说明。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制以及是否允许商业用途等信息，源站未提供。使用者在发表基于该数据集的研究成果时，应参考来源站 ebi.ac.uk 上可能提供的官方引用指南。由于许可信息不明确，建议在使用前直接查阅来源站的相关页面或联系数据提交者以获取授权说明。

原始链接

https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA1052380

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA1052380

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

比较健康个体、特应性皮炎（AD）患者和痤疮患者个体内及个体间痤疮丙酸杆菌（C. acnes）的遗传异质性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别