光加重特应性皮炎患者臀部皮肤暴露于太阳模拟辐射的RNAseq
该数据集为BioProject PRJEB96545,包含光加重特应性皮炎患者臀部皮肤暴露于太阳模拟辐射后的RNAseq数据

基本信息
资源简介
光加重特应性皮炎患者臀部皮肤暴露于太阳模拟辐射的RNAseq
PRJEB96545 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的转录组学项目,全称为“RNAseq of human buttock skin from patients with photoaggravated atopic dermatitis exposed to solar simulated radiation”。该项目聚焦于光加重特应性皮炎这一皮肤疾病,研究对象为患者臀部皮肤,在暴露于太阳模拟辐射后进行 RNA 测序,以获取基因表达层面的数据。项目归类于皮肤疾病/其他方向,主题标签为 Other。作为 BioProject 体系中的一条记录,它汇集了与单一研究计划相关的生物数据,便于用户在一个统一入口下查找该项目所产生的各类数据链接。以下将从背景、内容、来源、适用场景、使用方法、质量限制及引用许可等方面展开说明。
【数据集背景】
特应性皮炎是一种常见的慢性炎症性皮肤疾病,部分患者表现出对日光或紫外线暴露的异常反应,即光加重特应性皮炎。该 BioProject 正是围绕这一临床现象设立的研究计划,旨在通过 RNA 测序手段,观察患者臀部皮肤在接受太阳模拟辐射后的转录组变化。项目由单一组织或联合体发起,属于 BioProject 所定义的、与单一研究倡议相关的生物数据集合。源站描述指出,BioProject 记录为用户提供单一入口,以发现该项目所生成的不同类型数据及其链接。该项目的主题标签为 Other,本站分类归入皮肤疾病/其他。
【数据内容】
该数据集的核心内容是 RNAseq 数据,即转录组测序数据,样本来源于光加重特应性皮炎患者的臀部皮肤,且这些皮肤样本经过了太阳模拟辐射暴露处理。项目英文名称明确指出了样本类型(human buttock skin)、疾病背景(photoaggravated atopic dermatitis)以及处理条件(exposed to solar simulated radiation)。因此,数据内容属于基因表达层面的测序结果,可用于分析辐射暴露前后或不同条件下的转录本表达差异。除上述信息外,关于具体样本数量、测序平台、读长、数据量、表达矩阵或差异基因列表等细节,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,具体以 BioProject 记录形式呈现,项目编号为 PRJEB96545,源站标题显示为“RNAseq of human buttock skin from patients with ph... (ID 1534446) - BioProject - NCBI”。BioProject 作为生物数据集合,其记录本身不直接存放所有原始数据,而是提供指向不同数据类型所在位置的链接。该项目来源于单一组织或联合体,属于单一研究倡议下的数据集合。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、患者招募标准及辐射暴露的具体参数等,源站未提供。
【适用场景】
基于现有信息,该数据集适用于与光加重特应性皮炎相关的转录组研究场景,例如探索太阳模拟辐射对患者皮肤基因表达的影响、比较不同样本间的 RNA 表达谱,或作为皮肤疾病分子机制研究的参考数据。由于主题标签为 Other,其应用也可能涉及更广泛的皮肤生物学或环境暴露相关分析。但需注意,具体适用场景应结合项目原始设计判断,源站未提供详细的研究目的说明,因此上述场景仅为基于数据集名称和分类的合理归纳。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录,利用项目编号 PRJEB96545 进行检索,并通过记录中提供的链接跳转至该项目所生成的不同数据类型。BioProject 的设计目的正是让用户在一个统一位置找到相关数据链接。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程或配套工具,源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 记录,其描述本身属于项目层面的元数据集合,而非经过统一质控的最终分析结果。数据质量取决于原始研究的设计与执行,源站未提供质控指标、批次信息、重复数量或统计效力等细节。此外,样本仅涉及臀部皮肤,且为光加重特应性皮炎患者,外推至其他部位或其他人群时需谨慎。关于数据完整性、缺失值处理及潜在偏倚,源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 NCBI BioProject,项目编号为 PRJEB96545。关于具体的引用格式、作者列表、发表文献、数据使用许可或授权条款,源站未提供。用户在使用时应遵循 NCBI 及原始数据提供方的相关要求,并建议直接查阅 BioProject 记录以获取最新引用信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB96545
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
光加重性特应性皮炎(PAD)的临床特征为日光诱发/加重的湿疹。PAD的潜在皮肤病理生理机制仍知之甚少。本研究旨在探讨在模拟日光紫外线辐射(SSR)暴露后PAD反应演变过程中的细胞和分子事件,并与健康对照(HC)的反应进行比较。在n=6例PAD患者和n=6例HC中,从未暴露皮肤以及初次暴露后30分钟、3小时和24小时接受单次低剂量(生理剂量)SSR暴露的皮肤,以及72小时(连续三日SSR暴露后)进行皮肤活检。活检样本通过免疫组织化学(n=6 PAD,n=6 HC)和RNA测序分析(n=5 PAD,n=4 HC)进行评估。该数据集包含来自PAD患者的RNAseq数据。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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