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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB82994：牛疥癣中的大环内酯耐药性

PRJEB82994 数据集聚焦于牛疥癣（psoroptic mange）病原体——羊痒螨（Psoroptes ovis）对大环内酯（ML）类杀螨剂的耐药性问题。Psoroptes ovis 是一种以绵羊、牛、其他有蹄类动物、兔及马为食的螨类，可引发严重的渗出性皮炎，即疥癣。大环内酯类杀螨剂是控制该病的常用药物，但部分牛羊螨株已产生耐药性，导致疗效下降甚至治疗失败。该数据集来自 NCBI，通过比较比利时各地牛源螨株在伊维菌素暴露前后的基因表达差异，以及敏感与耐药种群间的遗传多样性，探究耐药性的遗传基础，并提供了分别源自绵羊和牛的染色体水平基因组组装。

【数据集背景】

疥癣是由 Psoroptes ovis 螨引起的一种严重动物皮肤病，可感染绵羊、牛、其他有蹄类动物、兔及马。该螨的寄生会导致渗出性皮炎，对畜牧业造成显著影响。大环内酯类杀螨剂是防治疥癣的主要手段，然而，某些牛羊螨株已对这类药物产生耐药性，造成治疗效果降低甚至完全失败。为理解耐药性的遗传机制，研究者针对比利时境内牛源螨株开展了相关研究，该数据集即为这一研究的产物，属于皮肤疾病领域的“其他”分类。

【数据内容】

该数据集的核心内容包括：对来自比利时的牛源螨株进行基因表达比较，分析其在暴露于伊维菌素前后、敏感与耐药个体之间的表达差异；同时，还比较了一个敏感种群与一个耐药种群之间的遗传多样性。此外，研究还生成了分别源自绵羊和牛的 Psoroptes ovis 染色体水平基因组组装，并将敏感与耐药螨种群的基因组多样性与这些组装结果进行关联分析。数据集的主题标签为“Other”，整体聚焦于耐药性的遗传基础。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。螨样本采集自比利时各地的牛。研究涉及敏感与耐药螨株，并分别从绵羊和牛中获取材料用于基因组组装。关于具体的采集时间、采样点数量、样本量等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究 Psoroptes ovis 对大环内酯类杀螨剂耐药性的遗传机制，可用于分析基因表达差异、遗传多样性以及染色体水平基因组组装。其潜在应用包括：理解耐药性如何影响治疗 efficacy，探索耐药相关基因或变异，以及为开发新的防控策略提供基因组学基础。此外，由于涉及绵羊和牛两种宿主来源的螨株，也可用于比较不同宿主来源螨株的基因组特征。

【使用方法】

用户可通过 NCBI 来源站获取该数据集。具体的数据格式、文件类型、访问链接、下载方式及分析工具等信息，源站未提供。使用时应参考原始研究中的方法描述，但本数据集未提供详细的操作指南。

【质量与限制】

该数据集基于比利时牛源螨株的研究，其结论可能受地理和宿主范围限制。关于数据质量评估、测序深度、覆盖度、样本代表性、潜在偏差等具体信息，源站未提供。此外，耐药性机制可能涉及多个基因和环境因素，该数据集仅从基因表达和遗传多样性角度进行探索，未涵盖所有可能的影响因素。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制及版权信息，源站未提供。用户在使用时应自行查阅 NCBI 相关页面以获取最新信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB82994

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB82994

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

痒螨是一种以绵羊、牛、其他有蹄类动物、兔子和马为食的螨虫物种，可发展为一种称为痒螨病的严重渗出性皮炎。大环内酯类杀螨剂常用于控制痒螨病。然而，某些牛和羊螨株已对大环内酯类产生抗药性，导致治疗效果降低甚至治疗失败。在此，我们研究了从比利时各地牛身上采集的螨虫中大环内酯抗性的遗传基础。我们比较了暴露于伊维菌素前后敏感和抗性螨虫之间的基因表达，以及单个敏感和抗性种群之间的遗传多样性。我们分别生成了源自绵羊和牛的痒螨染色体基因组组装，并将比利时各地采样的敏感和抗性螨虫种群的基因组多样性与之相关联。基因表达数据显示，一个细胞色素P450基因和两个串联定位的UDP-葡萄糖醛酸转移酶基因等存在组成型过表达。

在基因组数据的调查中，我们观察到群体基因组数据中两个位点均存在拷贝数变异。细胞色素P450基因在敏感群体中未被扩增，但在所有抗性群体中均以多拷贝形式出现，并与抗性和敏感群体间Fst峰值相关联，表明存在选择作用。相比之下，两个UGT基因在所有群体（包括敏感数据集）中均大规模串联扩增，其与选择相关的信号弱于扩增的细胞色素P450。因此，在P. ovis的这些推定抗性位点上，正在发生不同的扩增和基因调控机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别