PRJEB59406：特应性皮炎皮肤表皮葡萄球菌全基因组测序与皮肤微生物组宏基因组分析

资源简介

PRJEB59406：特应性皮炎皮肤表皮葡萄球菌全基因组测序与皮肤微生物组宏基因组分析

该数据集聚焦于特应性皮炎（AD）相关的皮肤微生物研究，整合了皮肤表皮葡萄球菌（S. epidermidis）菌株的全基因组测序数据与皮肤微生物组的宏基因组数据。具体而言，全基因组测序部分覆盖了从32名特应性皮炎患者和32名正常对照（NC）个体分离获得的皮肤表皮葡萄球菌菌株；宏基因组部分则来自46名特应性皮炎患者和54名正常对照个体的皮肤微生物组样本。所有皮肤拭子均采集自特应性皮炎患者的皮损部位与非皮损部位，以及正常对照的相同部位。该数据集为研究特应性皮炎与皮肤微生物组、尤其是表皮葡萄球菌之间的关联提供了基因组与宏基因组层面的基础数据资源。

【数据集背景】

特应性皮炎是一种常见的慢性炎症性皮肤疾病，其发病机制与皮肤微生物组的组成和功能变化密切相关。表皮葡萄球菌作为皮肤表面常见的定植菌，在特应性皮炎中的作用受到广泛关注。该数据集旨在通过全基因组测序和宏基因组分析，系统刻画特应性皮炎患者与正常对照个体皮肤来源的表皮葡萄球菌菌株的基因组特征，以及皮肤微生物组的整体构成，从而为理解该疾病与皮肤微生物之间的相互关系提供数据支撑。

【数据内容】

该数据集包含两类主要数据。第一类为皮肤表皮葡萄球菌菌株的全基因组测序数据，菌株分离自32名特应性皮炎患者和32名正常对照个体。第二类为皮肤微生物组的宏基因组数据，样本来自46名特应性皮炎患者和54名正常对照个体。上述两类数据共同构成了对特应性皮炎相关皮肤微生物的基因组与群落水平的描述。

【采集与来源】

所有皮肤拭子样本均采集自特应性皮炎患者的皮损部位和非皮损部位，以及正常对照个体的相同部位。表皮葡萄球菌菌株由这些样本中分离获得，并进一步进行全基因组测序。宏基因组数据则直接来源于皮肤拭子样本的微生物组分析。数据来源站为ncbi.nlm.nih.gov。

【适用场景】

该数据集适用于皮肤微生物组与特应性皮炎相关的研究场景，包括但不限于：比较特应性皮炎患者与正常对照个体皮肤来源的表皮葡萄球菌菌株的基因组差异；分析特应性皮炎皮损与非皮损部位以及正常对照相同部位之间皮肤微生物组构成的差异；探索表皮葡萄球菌在特应性皮炎皮肤微生态中的潜在作用；以及作为皮肤微生物组与宿主疾病关联研究的参考数据。

【使用方法】

该数据集可通过来源站ncbi.nlm.nih.gov获取。使用者可根据研究目的分别提取全基因组测序数据或宏基因组数据，进行序列比对、菌株分型、功能注释、群落多样性分析等常规微生物基因组学与宏基因组学分析。具体的数据下载方式、文件格式及分析流程需参照来源站提供的说明。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量评估、测序深度、覆盖度、样本纳入排除标准、伦理审批信息以及潜在技术偏倚等具体内容。使用者应结合来源站的相关文档自行评估数据适用性。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式与许可条款信息。使用者在利用该数据集时，应查阅来源站ncbi.nlm.nih.gov发布的相关说明，并遵循其规定的数据使用与引用要求。