基本信息

模态

医学影像

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB44217：麻风与环状肉芽肿皮肤病变全基因组表达谱

PRJEB44217 是一项针对麻风与环状肉芽肿皮肤病变的基因组范围表达谱研究数据集，来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），在本站归类为皮肤疾病 / 其他。该数据集的核心内容是麻风病变与环状肉芽肿皮肤病变中分离的 mRNA（polyA）短读长测序数据。研究的主要目标是识别可用于区分麻风与其他鉴别诊断的候选 mRNA 生物标志物，并进一步探索多菌型（MB）与少菌型（PB）麻风病变之间的分子差异。研究者通过差异表达分析以及训练惩罚性逻辑回归来筛选重要特征，结果显示少量基因即足以将麻风病变（包括少菌型病例）与其他形态学和病理组织学相似的皮肤疾病区分开来，其中部分基因还在更大规模、更具异质性的样本中通过 RT-qPCR 进行了重复验证，确认了其分类潜力。该数据集为皮肤疾病分子标志物研究提供了可用的转录组测序资源。

【数据集背景】

麻风与环状肉芽肿在临床和病理组织学上可能表现相似，给鉴别诊断带来困难。该研究正是针对这一实际问题，对麻风与环状肉芽肿皮肤病变进行全基因组表达谱分析，以期从转录组层面寻找能够辅助区分两者的分子依据。研究不仅关注麻风与其他鉴别诊断之间的区分，还进一步考察了多菌型（MB）与少菌型（PB）麻风病变之间的分子差异，试图为理解不同临床类型的麻风病变提供新的候选基因线索。

【数据内容】

该数据集包含从环状肉芽肿和麻风皮肤病变中分离的 mRNA（polyA）经短读长测序产生的数据。研究围绕 mRNA 表达谱展开，主要分析内容包括：识别区分麻风与其他鉴别诊断的候选 mRNA 生物标志物；通过差异表达分析比较 MB 与 PB 病变；以及训练惩罚性逻辑回归模型以选择重要特征。研究结果表明，少量基因即可区分麻风病变（包括少菌型病例）与其他形态学、病理组织学相似的皮肤疾病，部分基因已通过 RT-qPCR 在更大规模、更具异质性的样本中得到重复验证。此外，研究还提出了若干重要的新候选基因，用于增进对 MB 与 PB 病变分子差异的理解。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），英文名称为“PRJEB44217: Genome-wide expression profiling of leprosy and granuloma annulare skin lesions”。样本材料为环状肉芽肿与麻风皮肤病变中分离的 mRNA（polyA），测序方式为短读长测序。关于样本采集地点、采集时间、受试者数量及具体临床信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于皮肤疾病转录组研究，尤其是麻风与环状肉芽肿等形态学和病理组织学相似疾病的鉴别诊断标志物探索。可用于候选 mRNA 生物标志物的识别与验证研究、麻风多菌型（MB）与少菌型（PB）病变分子差异分析，以及差异表达分析和惩罚性逻辑回归等特征选择方法的实践。对于希望借助 RT-qPCR 验证转录组候选标志物的研究，该数据集也提供了可参考的候选基因来源。

【使用方法】

使用该数据集时，可基于短读长 mRNA 测序数据进行表达谱分析，开展差异表达分析以比较麻风与环状肉芽肿病变，或比较 MB 与 PB 病变；也可训练惩罚性逻辑回归模型进行特征选择，筛选区分能力较强的基因。研究中提出的候选基因可通过 RT-qPCR 在独立样本中进行重复验证。关于数据的具体下载方式、文件格式、预处理流程与参数设置，源站未提供。

【质量与限制】

该研究的部分候选基因已在更大规模、更具异质性的样本中通过 RT-qPCR 重复验证，表明其分类潜力得到一定支持。但关于测序深度、样本量、批次效应、数据完整性等具体质量指标，源站未提供。使用者在解释结果时应注意该数据集聚焦于麻风与环状肉芽肿皮肤病变的 mRNA 表达谱，其结论外推到其他皮肤疾病或其他人群时需谨慎。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB44217

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB44217

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在此，我们报告了从环状肉芽肿和麻风皮肤病灶中分离的mRNA（polyA）经短读长测序所产生的数据。我们的主要目标是识别可用于区分麻风与其他鉴别诊断的推定mRNA生物标志物。此外，我们还通过差异表达分析以及训练惩罚性逻辑回归以筛选重要特征，探索了多菌型（MB）与少菌型（PB）之间的区别。我们的结果表明，少数基因足以将麻风病灶（包括少菌型病例）与其他形态学和组织病理学相似的皮肤病区分开来。其中一些基因已在更大且更具异质性的样本中通过RT-qPCR得到重复验证，证实了其分类潜力。我们还提出了重要的新候选基因，以增进对MB与PB病灶之间分子差异的理解，这或许能为基于宿主的麻风特异性辅助治疗指明新的通路和靶点。

最后，该数据集已被用于探索角化与角质形成细胞相关基因及TGFB介导的上皮-间质转化（EMT）之间的关系，这可能表明在皮肤中，麻风分枝杆菌能够直接或间接地使其他细胞类型去分化为祖细胞/干细胞样表型，从而促进分枝杆菌在宿主体内的存活和迁移。另一方面，这也可能突显了在肉芽肿形成和/或皮肤屏障组装/解体过程中哪些通路被激活。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别