南非农村与城市AmaXhosa儿童特应性皮炎及健康对照外周血单个核细胞Bulk RNA-seq
该数据集为BioProject PRJEB106614，包含南非农村与城市AmaXhosa儿童的外周血单个核细胞（PBMC）Bulk RNA-seq数据，样本涵盖特应性皮炎患者与健康对照
基本信息
资源简介
南非农村与城市AmaXhosa儿童特应性皮炎及健康对照外周血单个核细胞Bulk RNA-seq
PRJEB106614 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的转录组学研究项目，全称为“Bulk RNA-seq of Peripheral Blood Mononuclear Cells from AmaXhosa Children with Atopic Dermatitis and Healthy Controls in Rural and Urban South Africa”。该项目聚焦南非 AmaXhosa 儿童群体，采集其外周血单个核细胞（PBMC）开展 Bulk RNA-seq 测序，样本覆盖特应性皮炎患者与健康对照，并同时纳入农村与城市两种生活环境背景。项目归类于皮肤疾病相关方向，主题标签为“Other”。作为 BioProject 记录，它为用户提供统一入口，用以查找该项目所产生的多种数据类型及其相关链接。
【数据集背景】
特应性皮炎是一种常见的慢性炎症性皮肤病，其发病机制涉及遗传、免疫与环境等多重因素。该项目选择南非 AmaXhosa 儿童作为研究对象，并区分农村与城市两种生活环境，提示其研究关注点可能在于环境因素与宿主免疫转录特征之间的关联。项目以特应性皮炎患者与健康儿童对照的形式组织样本，为在转录水平上比较患病与健康状态提供了基础。源站未提供该项目的具体研究假设、资助信息或所属机构等背景细节。
【数据内容】
该项目产生的数据类型为 Bulk RNA-seq，测序对象为外周血单个核细胞（PBMC）。样本来自南非农村与城市地区的 AmaXhosa 儿童，包括特应性皮炎患者与健康对照两类。项目编号为 PRJEB106614，在源站对应 ID 1446391。除上述信息外，源站未提供样本数量、测序平台、读长、测序深度、数据量或具体文件格式等细节。
【采集与来源】
样本采集自南非农村与城市环境中的 AmaXhosa 儿童，采集材料为外周血单个核细胞。项目来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，以 BioProject 形式组织与发布。关于采样时间、伦理审批、知情同意流程、具体采集地点及样本处理方案，源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于研究特应性皮炎患儿与健康儿童之间 PBMC 转录组的差异，也可用于探讨农村与城市生活环境对儿童外周血免疫细胞基因表达谱的潜在影响。由于同时包含疾病状态与生活环境两个维度的对照，适合开展比较性转录组分析。具体分析目标需结合项目原始设计确定，源站未提供推荐的应用方向。
【使用方法】
用户可通过 NCBI BioProject 数据库检索项目编号 PRJEB106614 或源站 ID 1446391 访问该记录，并经由记录中的链接查找该项目关联的各类数据。源站未提供具体的数据下载方式、分析流程或软件建议。
【质量与限制】
该项目为 BioProject 记录，其描述说明 BioProject 是围绕单一研究计划、来自单一组织或联盟的生物数据集合，为用户提供查找多种数据类型的统一入口。源站未提供该数据集的质量评估指标、批次信息、技术偏差说明或已知局限。
【引用与许可】
源站未提供该项目的引用方式与许可条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB106614
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本RNA-seq实验对来自南非农村或城市环境中、年龄12–36个月、临床诊断为中度至重度特应性皮炎的AmaXhosa儿童及匹配的健康对照者的外周血单个核细胞进行了转录组分析。主要目标是捕获与生命早期特应性皮炎相关的全身免疫转录程序，同时考虑环境的强烈背景影响。通过比较农村/城市分层中的疾病状态，该数据集旨在区分与疾病相关的表达模式与与地点相关的免疫特征，并识别反映可能参与特应性炎症、屏障/免疫调节及相关机制通路的基因集。所得转录组特征拟用于与细胞因子和抗体测量及环境暴露数据进行下游整合，以支持机制解释和内型定义。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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