工程化人类肌肉模型模拟初治幼年皮肌炎肌肉的干扰素驱动转录组

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE328720

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

幼年型皮肌炎（JDM）是一种罕见的儿童自身免疫性疾病，其特征是肌肉中存在强烈的I型干扰素（IFN）特征。由于缺乏临床相关的疾病模型，机制和治疗研究的进展受到限制。为解决这一问题，我们测试了IFN处理人肌肉来源的微生理系统（肌束）是否能重现未经治疗的JDM肌肉的转录谱。对健康和JDM肌肉以及经IFN处理和未处理肌束的批量mRNA测序进行主成分分析，结果显示健康样本和未处理样本与JDM样本和IFN处理样本分离。JDM肌肉表现出2，414个差异表达基因（DEGs，padj<0.05），其中72.1%与IFNβ处理的肌束重叠，41.2%与IFNα处理的肌束重叠。Hallmark通路分析显示，JDM肌肉与IFN处理肌束之间具有强烈一致的方向性变化。IFN和炎症通路上调最为显著，而氧化磷酸化、脂肪酸代谢和脂肪生成则下调，且在肌肉中更为明显。

JDM肌肉与IFN处理肌束之间的标准化富集分数相关性呈强阳性（IFNα：r=0.66，p=2×10⁻⁷；IFNβ：r=0.74，p=4.8×10⁻¹⁰）。这些发现表明，IFN处理的肌束，尤其是IFNβ处理的肌束，能够高度重现JDM肌肉的关键转录特征，并为研究IFN驱动机制及治疗靶点提供了具有生理相关性的平台。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。