NAT10过表达HaCaT细胞的RNA-seq与acRIP-seq数据集
该数据集来自NCBI GEO，包含NAT10过表达HaCaT细胞与空载体对照的RNA-seq和acRIP-seq数据，用于研究RNA乙酰转移酶NAT10在角质形成细胞中的功能及其对特应性皮炎发病机制的调控影响
![GSE304279: RNA-seq and acRIP-seq in NAT10 overexpression HaCaT cells [RIP-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/145959.jpg)
基本信息
资源简介
NAT10过表达HaCaT细胞的RNA-seq与acRIP-seq数据集
GSE304279 是一个来自 NCBI GEO 的转录组与 RNA 乙酰化修饰数据集，围绕 RNA 乙酰转移酶 NAT10 在角质形成细胞中的功能展开。该数据集以过表达 NAT10 的 HaCaT 细胞与空载体对照细胞为研究对象，同时采集了 RNA-seq 和 acRIP-seq 两类数据，用于考察 NAT10 过表达对基因表达及 RNA 乙酰化修饰的影响，并服务于特应性皮炎发病机制相关研究。数据集在站内归入皮肤疾病／其他类别，主题标签涉及 Other、GPL29480 与 9606，共包含 1 个数据文件，即 GSE304279_series_matrix.txt.gz。
【数据集背景】
RNA 乙酰转移酶 NAT10 在角质形成细胞中的功能及其对特应性皮炎发病机制的调控作用，是该数据集所针对的核心生物学问题。为回答这一问题，研究者在 HaCaT 细胞中过表达 NAT10，并以空载体细胞作为对照，通过 RNA-seq 与 acRIP-seq 两种技术路线并行采集数据。HaCaT 是常用的角质形成细胞模型，而角质形成细胞是皮肤屏障的重要组成部分，因此该数据集将分子层面的乙酰化修饰与皮肤疾病背景联系起来。源站描述明确指出，研究的目的是阐明 NAT10 在角质形成细胞中的功能及其对特应性皮炎发病机制的调控影响。
【数据内容】
数据集包含 RNA-seq 与 acRIP-seq 两类数据，均来自 NAT10 过表达组与空载体对照组的 HaCaT 细胞。RNA-seq 用于反映转录水平的变化，acRIP-seq 则针对 RNA 乙酰化修饰进行富集测序，二者结合可同时观察表达层面与修饰层面的差异。数据集的文件数量为 1，文件样例为 GSE304279_series_matrix.txt.gz，该文件为系列矩阵文件，通常汇总了样本层面的表达信息。主题标签中的 GPL29480 指向所使用的平台记录，9606 对应人类物种标识。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI GEO 数据库，源站标题为“RNA-seq and acRIP-seq in NAT10 overexpression HaCaT cells [RIP-seq]”。作者为 Zhiqi，Xie，发布时间为 Aug 01 202。数据集在站内的分类为皮肤疾病／其他。除上述来源信息外，样本的具体培养条件、测序深度、生物学重复数量等细节源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究 NAT10 介导的 RNA 乙酰化修饰在角质形成细胞中的调控作用，也可用于探讨过表达 NAT10 后转录组与乙酰化修饰组的联合变化，并为特应性皮炎相关机制研究提供数据支持。对于关注皮肤疾病分子机制、RNA 修饰与基因表达调控关系的研究者，该数据集可作为对照性分析或验证性分析的素材。由于同时包含 RNA-seq 与 acRIP-seq，适合开展表达差异与修饰差异的整合分析。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE304279_series_matrix.txt.gz，该文件为 GZIP 压缩包格式，需按相应格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入后续分析流程。分析时可结合样本分组信息区分 NAT10 过表达组与空载体对照组，并分别针对 RNA-seq 与 acRIP-seq 数据开展相应处理。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个文件，即系列矩阵文件，未提供原始测序数据或其他配套文件的说明。样本数量、重复设置、测序质量指标、数据处理流程等质量相关信息源站未提供。因此在使用前应自行核对数据完整性与字段含义，并注意该数据集仅覆盖 HaCaT 细胞过表达模型，结论外推需谨慎。
【引用与许可】
作者为 Zhiqi，Xie，发布时间为 Aug 01 202。数据来源于 NCBI GEO。关于许可条款与具体引用格式，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE304279
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
为阐明RNA乙酰转移酶NAT10在角质形成细胞中的功能及其对特应性皮炎发病机制的调控作用，我们对过表达NAT10的HaCaT细胞与空载体对照进行了RNA-seq和acRIP-seq。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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