GSE283265：Filaggrin状态调控甲氨蝶呤治疗特应性湿疹临床应答中的基因转录、DNA损伤与表皮屏障修复

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE283265

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

背景：甲氨蝶呤（MTX）是治疗特应性湿疹（AE）的有效方法；然而，其作用机制仍未完全阐明。已知MTX可诱导角质形成细胞分化，而这一过程可在外部刺激引发DNA损伤后发生。目的：我们试图结合体外模型和对MTX治疗早期阶段AE皮肤的研究，探讨MTX在AE中的作用机制。具体而言，我们研究了MTX诱导的DNA损伤、角质形成细胞分化、屏障功能、丝聚蛋白状态与疾病活动性之间的关系。方法：使用来自两个AE队列的皮损和非皮损皮肤以及体外人类三维表皮类器官（活表皮等效物——[LEEs]）来评估对MTX的反应。评估了晚期角质形成细胞分化标志物以及对嘌呤/嘧啶核苷的反应。通过测量DNA损伤标志物和转录组分析，评估了MTX后角质形成细胞的DNA损伤。结果：MTX恢复了AE皮肤和LEE中的屏障功能，并诱导了丝聚蛋白和兜甲蛋白的表达，其机制可被胸苷抑制。

MTX诱导的DNA损伤及DNA损伤应答信号通路在LEE和AE皮肤中位于角质形成细胞分化上游。基因表达、疾病严重程度（EASI）与FLG状态（杂合子 versus 野生型，例如LGALS7、SPINK7）之间存在交互作用。结论：在无炎症细胞的情况下，MTX通过胸苷依赖性DNA损伤诱导关键表皮屏障蛋白。研究结果与AE皮肤疾病转归改善相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。