GSE278244：Collagen XXIII (COL23A1)：湿疹疱疹的新风险因素

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE278244

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景 疱疹性湿疹（EH）是一种由单纯疱疹病毒（HSV）引起的、在部分特应性皮炎（AD）患者中发生的、可能危及生命的播散性皮肤感染。EH在部分AD患者中的发生及其频繁复发，提示遗传因素在其发病机制中的重要性。目的 我们旨在识别EH的新遗传风险因素，并研究其对HSV-1感染的影响。方法 通过全外显子组测序，我们发现了COL23A1基因（编码XXIII型胶原α1链或Col23a1）中一个与EH相关的杂合单核苷酸多态性（SNP），并在更大队列中通过PCR进行了验证。我们研究了在原代角质形成细胞和HaCaT细胞中上调COL23A1表达对HSV-1感染的影响，并进行了批量RNA测序以探讨其潜在机制。结果 携带该杂合SNP rs2973744的EH患者来源的原代角质形成细胞中COL23A1 mRNA和蛋白水平升高，且对HSV-1的易感性增加。通过实验提高Col23a1水平可增强人角质形成细胞中的HSV-1感染。

COL23A1过表达提高了细胞表面syndecan-1和nectin-1的水平，二者分别是HSV-1的附着因子和进入因子，并下调了参与抗病毒反应的基因，如IL1R1、IL32、TLR4、IRF1、S100A9、C3和CFH。结论：SNP rs2973744增强了ADEH+来源角质形成细胞中Col23a1的表达。Col23a1上调可能通过提高细胞表面HSV-1附着因子和进入因子syndecan-1和nectin-1的水平，并减弱角质形成细胞的抗病毒反应，从而促进HSV-1感染。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。