Wiskott-Aldrich综合征小鼠模型脾脏转录组洞察

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE214745

标准获取流程：

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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Wiskott-Aldrich综合征（WAS）是一种罕见的X连锁原发性免疫缺陷病，以微血小板减少、湿疹、反复感染以及自身免疫性疾病和恶性肿瘤发病率增高为特征。WAS由was基因突变引起，该基因仅在造血细胞中表达，而脾在造血和红细胞清除中发挥重要作用。然而，迄今为止，尚未有关于WASp缺陷（WAS-KO）小鼠与野生型（WT）小鼠脾脏的详细比较分析报道，尤其是在转录组水平上。在此，我们研究了10周龄WAS-KO小鼠脾组织转录组的差异。比较WAS-KO小鼠与WT小鼠的基因表达谱，发现了1964个差异表达基因（DEGs）。在这些基因中，WAS-KO小鼠中有996个DEGs上调，968个下调。为确定DEGs的功能，分别对显著上调和下调的DEGs进行了GO和KEGG富集分析。

结果显示，WAS-KO小鼠脾脏中细胞衰老和凋亡相关基因水平升高，参与免疫应答的抗原加工与呈递机制受损，信号转导过程也出现障碍。因此，was基因缺失可能导致贫血和溶血相关疾病，主要原因是红细胞渗透脆性增加、血红蛋白降低、胆红素水平升高和血清铁蛋白升高。这些结果表明，血细胞的衰老和凋亡在WAS的发生中也发挥重要作用。然而，大多数研究仅关注免疫应答。因此，本文的有趣发现可为后续研究提供更有力的理论依据，并有助于改进WAS的治疗。我们利用从两组不同的WT和WAS-KO小鼠的RNA-seq中获得的数据进行了基因表达谱分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。