稳态成人皮肤单细胞与空间转录组分析数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE173651

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

表皮稳态由角质形成细胞增殖与分化之间的平衡所调控，并受细胞间相互作用的贡献，但 governing 这一平衡的保守或 divergent 机制在不同物种间，以及失衡如何导致皮肤疾病，在很大程度上尚未明确。为解决这些问题，将人类皮肤单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据进行整合，并与小鼠皮肤数据进行比较。通过使用匹配的ST数据，改进了人类皮肤细胞类型注释，突显了空间背景在细胞类型身份中的重要性，并且ST refined 细胞通讯推断。在跨物种分析中，我们鉴定出一个人体棘层角质形成细胞亚群，该亚群表现出增殖能力和重金属加工特征，这在小鼠中不存在，可能解释了表皮厚度的物种差异。该人类亚群在银屑病和锌缺乏性皮炎中扩增，证明了疾病相关性，并提示亚群功能障碍作为疾病标志的范式。

为了评估皮肤疾病的其他潜在亚群驱动因素，我们在遗传性皮肤病中进行了细胞起源富集分析，提名了致病细胞亚群及其通讯途径，这凸显了多个潜在的治疗靶点。这一整合数据集被纳入一个公开可用的网络资源中，以促进对正常及病变皮肤的机制和转化研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。