特应性皮炎角质层转录组可通过胶带剥离评估

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE160501

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：皮肤活检是皮肤免疫学和病理学的金标准，但可能引起疼痛并导致瘢痕形成。非侵入性技术将有助于研究招募，例如儿童特应性皮炎（AD）、手部湿疹或面部皮炎患者。目的：通过RNA测序，我们研究了AD皮肤中角质层转录组是否可通过胶带剥离进行评估，并与皮肤活检中AD表皮转录组进行比较。为使该程序具有临床相关性，胶带条在室温下储存和运输长达3天。方法：纳入9名成年白人AD患者和3名健康志愿者。从非病变和病变皮肤收集胶带样本。从病变皮肤收集活检样本，并分为表皮和真皮。提取总RNA，并进行鸟枪法测序。结果：对连续两条胶带条获得的皮肤细胞可进行鸟枪法测序，这些胶带条在室温下储存和运输长达三天。

胶带剥离与活检来源的转录组之间最显著的差异在于结构基因，而AD的已知分子标志物，包括CCL17、CCL22、IL17A和S100A7-S100A9，在胶带剥离样本中也被鉴定出来。此外，胶带剥离来源的转录组在分析皮肤微生物组方面也显示出潜力。结论：我们的研究表明，AD的角质层（SC）转录组可通过胶带剥离皮肤进行评估，支持该方法可能在未来皮肤生物标志物研究中发挥核心作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。