Krt16缺失小鼠足垫病变相对野生型足部皮肤的基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE117375

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

I型中间丝角蛋白16（Krt16基因；K16蛋白）在外胚层来源的附属器及掌跖/足底表皮中呈组成性表达，而在非掌跖表皮中，当皮肤上皮处于应激状态时可被诱导表达。人类KRT16基因座突变可导致先天性厚甲症（PC）和局灶性非表皮松解性掌跖角化病（PPK），二者均表现为掌部和/或足底皮肤的疼痛性胼胝。Krt16基因敲除小鼠会出现足垫病变，该病变在多个方面模拟了PC相关PPK和FNEPPK的特征，包括Keap1-Nrf2信号通路活性低下以及皮肤屏障稳态基因和危险相关分子模式（DAMPs）表达升高。这为理解PPK的复杂性并制定有效疗法提供了独特机会（见Lessard和Coulombe，J. Invest. Dermatol. 2012；Lessard等，PNAS（USA）2013；Kerns等，J. Clin. Invest. 2016；Kerns等，J. Invest. Dermatol. 2018；Zieman和Coulombe，Exp. Dermatol. 2018）。在此，我们报告了通过对Krt16基因敲除小鼠PPK样病变进行全基因组基因表达分析所获得的见解。

在本数据集中，我们纳入了来自两个月龄的Krt16缺失型爪部皮肤病变及野生型同窝对照（C57Bl/6品系背景）的表达数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。