砷致皮肤癌前及恶性病变的miRNA表达谱

该数据集来自NCBI,包含砷致皮肤癌前及恶性病变的miRNA表达谱。样本为印度西孟加拉邦Murshidibad地区饮用水中砷浓度超过50 ppb的个体,从FFPE皮肤病变样本中分离角质形成细胞并纯化总RNA

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基因组分类OtherGPL239409606
GSE102892: miRNA Expression Profiles of Premalignant and Malignant Arsenic-Induced Skin Lesions

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-23

资源简介

砷致皮肤癌前及恶性病变的miRNA表达谱

GSE102892 是一个聚焦砷致皮肤病变的微小RNA(miRNA)表达谱数据集,来源于 NCBI,收录于本站“皮肤疾病 / 其他”分类下。该数据集围绕砷暴露人群的皮肤癌前病变与恶性病变展开,样本来自印度西孟加拉邦 Murshidibad 地区饮用水中砷浓度超过 50 ppb 的个体,研究者从福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的皮肤病变样本中分离角质形成细胞并纯化总 RNA,用于 miRNA 表达谱检测。数据集以单个压缩文件形式提供,适合关注环境暴露相关皮肤疾病分子机制的研究者参考使用。

【数据集背景】

砷是一种广泛存在于饮用水中的环境污染物,长期高浓度暴露与皮肤病变的发生密切相关,包括癌前病变与恶性病变。该数据集正是针对这一公共卫生问题而构建,其英文标题为“miRNA Expression Profiles of Premalignant and Malignant Arsenic-Induced Skin Lesions”,中文可理解为砷致皮肤癌前及恶性病变的 miRNA 表达谱。研究关注的暴露人群来自印度西孟加拉邦 Murshidibad 地区,当地饮用水中砷浓度超过 50 ppb。通过比较癌前与恶性病变中的 miRNA 表达特征,该数据集为理解砷暴露相关皮肤病变的分子层面改变提供了表达谱层面的资料。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE102892_series_matrix.txt.gz,即系列矩阵文件,采用 GZIP 压缩格式。该文件通常承载样本层面的表达谱矩阵信息。主题标签包括 Other、GPL23940 与 9606,其中 9606 对应人类物种标识,GPL23940 为平台标识。数据集作者为 Laila,Al-Eryani,发布时间为 Aug 21 201。除上述文件与标签信息外,源站未提供更细化的数据内容说明。

【采集与来源】

样本采集自印度西孟加拉邦 Murshidibad 地区饮用水中砷浓度超过 50 ppb 的个体,病变样本以 FFPE 形式保存。研究者从这些 FFPE 皮肤病变样本中分离角质形成细胞,并从中纯化总 RNA,用于后续 miRNA 表达谱检测。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于样本量、具体病变类型分布、测序或芯片平台细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于研究砷暴露相关皮肤癌前病变与恶性病变之间的 miRNA 表达差异,也可作为环境暴露致皮肤疾病分子机制研究的参考数据。由于样本来自真实暴露人群的 FFPE 病变组织,适合用于探索角质形成细胞中 miRNA 表达改变与病变进展之间的关系。具体分析方向与结论需结合数据本身进一步验证,源站未提供预设的分析结论。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE102892_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因编码或字段理解偏差导致后续分析错误。关于具体的读取工具、预处理步骤与归一化方法,源站未提供。

【质量与限制】

数据基于 FFPE 样本与角质形成细胞分离流程获得,样本来源具有明确的地域与暴露特征。数据集仅包含 1 个文件,关于样本重复数、数据完整性、批次效应及质控指标,源站未提供。使用时应注意其样本来源的特定性,外推到其他人群或暴露水平时需谨慎。

【引用与许可】

数据集作者为 Laila,Al-Eryani,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式与使用许可的具体条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE102892

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

从印度西孟加拉邦穆尔希达巴德区饮用水中砷浓度超过50 ppb的高砷暴露个体的FFPE砷致皮肤病变样本中分离角质形成细胞,并从中纯化总RNA。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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