全基因组基因表达谱揭示落叶型天疱疮中未预期的分子改变

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-53873

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数据说明

落叶型天疱疮（PF）是一种复杂的自身免疫性疾病，以大疱性皮肤病变和存在抗桥粒芯糖蛋白1抗体为特征。在本研究中，我们试图为更好地理解地方性PF的分子过程做出贡献，因为识别参与发病机制的因素是理解其生物学基础的前提，并可能带来新的治疗干预措施。CD4+ T淋巴细胞在该疾病的发展中起着核心作用。因此，我们将不同PF患者亚组的外周CD4+ T细胞的全基因组基因表达谱相互比较，并与健康个体进行比较。患者样本被分为三组：未接受治疗的泛发性疾病患者、接受免疫抑制治疗的患者以及局限性疾病患者。不同亚组之间的比较产生了135、54和64个差异表达基因。这些基因主要与淋巴细胞黏附和迁移、凋亡、细胞增殖、细胞毒性和抗原呈递相关。

在比较同一患者的病变皮肤与未受累皮肤时，这些基因中有几个表现出差异表达。染色体区域19q31和12p13集中了差异表达的基因，是PF易感基因和疾病标志物的候选区域。我们的结果揭示了与疾病严重程度相关的基因、潜在的治疗靶点以及先前未疑及参与发病机制的过程。此外，本研究增添了原创性信息，将有助于理解PFM的发病机制以及大多数这些基因在体内仍界定不清的功能。共分析了24个样本，无重复。分析了三组患者：(1)患有该疾病泛发型且未接受治疗的患者；(2)患有泛发型并正在接受免疫抑制治疗（泼尼松）的患者；以及

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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