PRJEB115367：烟酰胺N-甲基转移酶驱动系统性硬化症成纤维细胞活化与皮肤纤维化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB115367

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

系统性硬化症（SSc）的特征是由持续活化的成纤维细胞驱动的进行性皮肤和器官纤维化，然而，真皮成纤维细胞（DF）活化的机制仍不清楚。烟酰胺N-甲基转移酶（NNMT）在其他疾病中已被证实与纤维化相关，但其与SSc纤维化的相关性尚未被探讨。在本研究中，我们旨在通过RNA-seq评估NNMT是否驱动DF活化，研究对象为TGFβ刺激的原代人DF，并采用siRNA介导的NNMT敲低（KD）。我们进一步探索了转录因子ATF4、SOX9和SRF的参与，这些因子驱动ECM基因表达和胶原分泌。这些结果确定了TGFβ–NNMT–ATF4/SOX9/SRF轴维持SSc中DF活化和纤维化，将NNMT定位为限制纤维化重塑的潜在治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。