弥漫性大B细胞淋巴瘤虚拟组织数据集

该数据集包含弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的批量RNA测序和单细胞RNA测序表达数据,以及通过TissueResolver算法生成的虚拟组织数据,整合了Schmitz等人(2018)的批量数据和Roider等人(2020)、Steen等人(2021)的单细胞数据,经过特征选择和归一化处理,用于肿瘤微环境分析、细胞类型去卷积和基因表达模拟等生物医学研究方向,支持在单细胞水平解析淋巴瘤的分子特征。

Leibniz Institut für Immuntherapie (LIT)Leibniz Institut für Immuntherapie (LIT)
Zenodo
2024-01-25 更新
浏览 30
分类淋巴瘤单细胞转录组RNA-seq数据整合
Virtual Tissues of DLBCL lymphomas

基本信息

大小
4.48 GB
任务类型
分类
许可
cc-by-4.0
创建/更新时间
2024-01-25

资源简介

弥漫性大B细胞淋巴瘤虚拟组织数据集

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Virtual Tissues of DLBCL lymphomas》。源站首次发布:2023-11-16。

【数据内容】

源站原始描述:TissueResolver is a package for converting bulk RNA-seq datasets into virtual tissues using information from similar single cell datasets by assigning weights to true single cells, maintaining their molecular integrity. Virtual tissues can be analyzed in a similar way as conventional single cell datasets. The algorithm is described in Simeth et al., 2023, Virtual Tissue Expression Analysis . This dataset contains combined RNA expression single cell and bulk data of diffuse large B-cell lymphomas…

主表 grouping.csv 含 2 列、样本前 482 行结构完整。

【数据结构与技术规格】

文件数 7 个,合计 4.48 GB。数据集 DOI:10.5281/zenodo.10139154。

【适用方向】

结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。

【获取与许可】

源站页面:https://zenodo.org/records/10139154

使用许可:cc-by-4.0。

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-11-23,引用时请注意版本时效。

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使用方式

数据集获取(Zenodo 公开直链)

源站:https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.10139154

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数据说明

该数据集是一个生物信息学数据集,用于通过虚拟组织技术研究弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)。数据集包含DLBCL的批量RNA测序(bulk RNA-seq)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)表达数据,以及利用TissueResolver算法生成的虚拟组织数据。具体而言,数据整合了Schmitz等人(2018)的批量RNA-seq数据,以及Roider等人(2020)和Steen等人(2021)的单细胞RNA-seq数据,经过特征选择和TMM归一化处理后,生成了虚拟组织表达谱,同时计算了细胞类型特异性基因表达值。该数据集主要用于肿瘤微环境分析、细胞类型去卷积、基因表达模拟等生物医学研究方向,支持在单细胞水平上模拟和解析淋巴瘤组织的分子特征。

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