全差异基因表达数据
该数据集来自 figshare，包含一项针对化脓性汗腺炎（HS）的 RNA-Seq 差异基因表达研究，涉及 20 例患者的皮损与非皮损皮肤活检，并联合 7 个已发表数据集共 104 名受试者进行再分析，识别出 118 个差异调控基因的疾病特征
基本信息
资源简介
全差异基因表达数据
Full differential gene expression data.
该数据集来自 figshare，包含一项针对化脓性汗腺炎（HS）的 RNA-Seq 差异基因表达研究，涉及 20 例患者的皮损与非皮损皮肤活检，并联合 7 个已发表数据集共 104 名受试者进行再分析，识别出 118 个差异调控基因的疾病特征。数据以单个 Excel 文件提供，可用于 HS 转录组特征验证、差异表达与通路富集分析，以及皮肤炎症机制研究（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
源站首次发布：2023-04-06。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：化脓性汗腺炎（HS）是一种常见、使人衰弱的炎症性皮肤病，与免疫失调及毛囊结构和功能异常有关。多项研究已在小型人群中刻画了受累与未受累皮肤的转录组谱。在本项针对 20 例患者的研究中，使用 20 名受试者皮损与匹配的非皮损皮肤活检的 RNA 来识别基于表达的 HS 疾病特征。随后进行了差异表达和通路富集分析，并将我们的发现与先前发表的转录组谱联合再分析。我们建立了一个基于 RNA-Seq 的 HS 表达疾病特征，其与先前报道基本一致。来自 7 个先前报道数据集中 104 名受试者的 bulk-RNA 谱识别出与三个对照相比由 118 个差异调控基因组成的疾病特征。
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 5.84 MB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0284047.s002。
【主题与分类】
源站学科分类：Microbiology、Genetics、Molecular Biology、Neuroscience、Physiology、Immunology。主题标签：pathway enrichment analyses、bacterial response mechanisms、throughput rna sequencing、lesional skin biopsies、host response、unaffected skin、lesional skin、transcriptomic profile、small populations、several studies。本站分类：皮肤与结缔组织疾病/化脓性汗腺炎。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Microbiology、Genetics、Molecular Biology、Neuroscience、Physiology、Immunology。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Full_differential_gene_expression_data_/22569917
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Freudenberg, Johannes M.; Liu, Zhi; Singh, Jennifer; Thomas, Elizabeth; Traini, Christopher; Rajpal, Deepak K.; et al. (2023). Full differential gene expression data.. PLOS ONE. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-21，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Full differential gene expression data.
- DOI：10.1371/journal.pone.0284047.s002
- 发布日期：2023-04-06
- 文件数：1 个
- 文件总体积：5.84 MB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/Full_differential_gene_expression_data_/22569917
命令行下载
curl -L -o "pone.0284047.s002.xlsx" "https://ndownloader.figshare.com/files/40050869"
文件清单
pone.0284047.s002.xlsx（5.84 MB）
文件总体积 5.84 MB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
化脓性汗腺炎（HS）是一种常见的、使人衰弱的炎症性皮肤病，与免疫失调以及毛囊结构和功能异常有关。多项研究已在小型人群中描述了受累皮肤和未受累皮肤的转录组特征。在这项纳入20例患者的研究中，研究者使用20名受试者皮损部位及与之匹配的非皮损部位皮肤活检组织的RNA，以识别基于表达的HS疾病特征。随后进行了差异表达和通路富集分析，并将我们的发现与既往发表的转录组谱联合重新分析。我们建立了一个基于RNA-Seq的HS表达疾病特征，该特征与既往报道基本一致。来自7个既往报道数据集中104名受试者的大块RNA谱，与来自非皮损皮肤的三个对照数据集相比，识别出由118个差异调控基因组成的疾病特征。我们证实了既往报道的表达谱，并进一步描述了疾病发病机制中补体激活和宿主对细菌应答的失调特征。
该HS患者队列中皮损皮肤转录组的变化与先前报道的较小规模人群一致。这些发现进一步支持了免疫失调的重要性，尤其是在细菌应答机制方面。对本队列与先前报道队列的联合分析表明，表达谱具有显著的一致性。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0284047.s002（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/Full_differential_gene_expression_data_/22569917）。
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