口服Yersinia感染中TNF信号维持肠道及全身位点细菌奠基者种群局部限制

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A90cde8741e5f91a4a20751385e09c41e750c3e07878c2fb802bb15f4fe1a6ea8

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

侵袭性肠道细菌病原体在全球范围内造成巨大的疾病负担，对年轻人和免疫功能低下者影响尤为严重。假结核耶尔森菌是一种革兰氏阴性肠道病原体，与鼠疫病原体鼠疫耶尔森菌亲缘关系密切，可定植于肠道组织，诱导肠道沿线形成脓肉芽肿，并在口服感染实验啮齿动物后播散至全身器官。既往研究提出，全身组织被一组肠道内复制的细菌所定植，这些细菌与派尔集合淋巴结和肠系膜淋巴结内的菌群不同。肠道脓肉芽肿内的细菌是否作为全身播散的来源，以及不同组织部位内细菌群体之间的关系，目前尚不明确。此外，调控耶尔森菌定植和播散的因素也知之甚少。在此，我们利用基于序列标签的微生物群体分析……，样本采集 样本按扩展方法（补充信息）所述进行采集。

所有样品均取100 μL在PBS中进行十倍系列稀释，涂布于含2 μg/ml三氯生和100 mg/mL卡那霉素的LB琼脂上，于室温培养两天。每个样品的稀释液均设三个平行涂布，结果以每克或每份活检组织的平均CFU表示。匀浆样品剩余的900 μL涂布于含2 μg/ml三氯生（irgasan）和100 mg/mL卡那霉素的LB琼脂15 cm培养皿上，于室温培养两天。STAMP样品处理：将Y. ptb菌落从平板上洗下，收集于含25%甘油的PBS中，用水稀释，并于95°C煮沸15分钟。使用定制的正向和反向引物从基因组中扩增含条形码的区域（Campbell et al., 2023; Holmes et al., 2025; Hotinger et al., 2025）。基于序列标签的微生物种群分析（STAMP）按先前方法进行

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。