不同亚系W-Beijing结核分枝杆菌感染THP-1细胞的时序转录组响应

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-29628

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们报告了以PMA处理的THP-1人巨噬细胞作为宿主系统，受不同亚系W-北京株或H37Rv参考株感染的全基因组表达谱分析。令人惊讶的是，我们发现宿主转录反应与亚系间变异无关。基于这一发现，我们进一步表明，这种共同的宿主转录反应可能受涉及STATs、IRF-1、IRF-7和Oct-1转录因子的调控网络控制。我们还提出，这些推定调节因子可能以协同方式作用，诱导宿主反应基因的表达，特别是那些参与细胞因子-细胞因子受体相互作用的基因。THP-1细胞在三个时间点（即4小时、18小时和48小时）被11个不同亚系加一个参考株H37Rv感染（两次重复）。对于每次感染以及非感染对照，使用Trizol（Life Technologies）TRIZOL®试剂（Invitrogen）提取RNA，随后按照标准Affymetrix®方案进行扩增和生物素标记。具体而言，RNA经DNase处理并用RNeasy柱（Qiagen）纯化。

纯化的RNA使用ND-1000分光光度计（NanoDrop Technologies）和Agilent 2100生物分析仪（Agilent Technologies）进行定量。随后，将生物素化的cRNA片段化，并在Human Genome U133 Plus 2.0芯片（Affymetrix，美国）上进行杂交。扫描图像通过GeneChip®操作软件（GCOS）（Affymetrix）转换为细胞强度文件（CEL）。这些CEL原始表达数据在R语言环境（Bioconductor）中采用分位数归一化的稳健多阵列平均法（RMA）进行归一化处理。应用基于检测呼叫的过滤器，移除所有表达值持续低于经验确定的最低灵敏度值的探针集，该最低灵敏度值依据整个数据集中所有标记为“Absent”呼叫信号的95百分位数进行评估。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。