HIV免疫应答的病原体衍生与宿主反应性肽特征

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.19736917

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 6.1 MB。

数据说明

肽阵列谱分析对HIV感染的双层血清学编码——数据与分析代码 本Zenodo记录包含支持手稿《Dual-layer serological encoding of HIV infection by peptide-array profiling》（Schmidt等，2026）的主要肽阵列数据、队列元数据及完整的Python分析代码。实验设计。来自南非、秘鲁和越南的105份个体血清样本（35例HIV阳性，70例HIV阴性）在定制的原位合成肽微阵列上进行谱分析，该微阵列包含两个平行文库：(i) 病原体衍生面板，由49条HIV-1十二聚体肽组成，覆盖gp41包膜蛋白和p24 Gag蛋白；(ii) 宿主相似文库，包含2,087条十聚体肽，依据与人类蛋白质组片段的组成相似性筛选。二抗染色后通过荧光扫描定量IgG结合。在严格的嵌套5×5交叉验证下，病原体衍生面板对HIV状态的分类AUC为0.891；仅宿主相似文库即达到AUC 0.805；概率级元堆叠产生AUC 0.897。

HIV阳性血清还显示，宿主肽结合分布的Shannon熵显著降低（p = 0.012），Gini不等式升高（r = 0.376），这与慢性感染下抗体库重塑相一致。本数据沉积的内容如下。data/results_HIV_final.pkl——每样本HIV面板荧光数据（Python pickle；105个样本 × 49种肽，中位强度和重复标准差） data/results_RRL_final.pkl——每样本宿主相似文库数据（105个样本 × 2,087种肽） data/sample_metadata.csv——队列注释：HIV状态、年龄、性别、国家、结核合并感染状态、芯片级QC备注 data/hiv_peptides.csv——49种肽注释，含LANL来源毒株、HXB2位置、序列和类别（模板 vs scrambled对照） notebooks/1_HIV_RF.ipynb、2_RRL_RF.ipynb、3_Covariance_and_Meta.ipynb——Jupyter notebooks实现

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。