THP-1人巨噬细胞样细胞对不同亚系W-Beijing结核分枝杆菌菌株的时间过程转录组响应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE29628

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

W-Beijing家族结核分枝杆菌(Mtb)菌株以其高流行性和高毒力以及遗传多样性而著称，正如我们及其他实验室最近所报道的那样。然而，关于免疫系统如何应对这些菌株，目前知之甚少。为探讨这一问题，我们在此采用了逆向工程和全基因组表达谱分析，研究对象为受W-Beijing家族不同Mtb菌株以及参考实验室菌株H37Rv感染的人巨噬细胞样THP-1细胞。详细的数据挖掘显示，宿主细胞对H37Rv及W-Beijing家族不同菌株的转录组反应相似，且在Mtb感染期间被绝大多数诱导，共同构成了一种强大的基因表达特征（“THP1r2Mtb诱导特征”）。对该特征中基因启动子区域推定的转录因子结合位点进行分析，识别出几个关键调节因子，即STATs、IRF-1、IRF-7和Oct-1，它们通常参与干扰素相关的免疫反应。

通过交叉特征和交叉模块比较发现，THP1r2Mtb诱导的特征似乎与近期在活动性肺结核患者中报道的干扰素诱导特征高度相关。对来自人类患者的公开转录组数据的进一步分析表明，该特征似乎与活动性肺结核患者及其临床治疗相关，并具有结核特异性。因此，我们的结果在转录组水平上提供了关于宿主巨噬细胞对Mtb应答机制的额外信息层面，这可能也暗示了细胞防御系统的稳健性，该系统能够有效对抗该病原体的遗传异质性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。