脊柱结核相关长链非编码RNA的人临床骨组织转录组分析

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数据说明

目的：本研究旨在利用转录组学技术探究脊柱结核中基因的差异表达，以期为脊柱结核的临床管理寻找新的治疗靶点和预后指标。方法：纳入2021年1月至2023年5月期间就诊于兰州大学第二医院骨科的患者。根据纳入和排除标准，实验组（试验组）5例，对照组5例。提取总RNA，并使用KAPA Stranded mRNA-Seq试剂盒在Illumina Novaseq 6000测序平台上进行双端测序。对测序数据进行clean reads处理和参考基因组注释后，进行FPKM标准化和差异表达分析。对差异表达基因（DEGs）和长链非编码RNA（LncRNAs）进行KEGG和GO富集分析。预测并分析LncRNAs对差异表达mRNA的顺式调控作用，建立两者之间的共表达网络。最后进行WGCNA分析。

结果：高通量测序分析鉴定出2366个差异表达基因，其中974个基因显著上调，1392个基因显著下调。KEGG富集分析显示，上调基因与细胞因子-细胞因子受体相互作用、结核病及TNF-α信号通路相关，主要富集于免疫和炎症等生物学过程。下调基因则与肌肉发育、收缩、真菌防御反应及胶原代谢过程相关。利用RPKM阈值>0.5对骨结核RNA-seq数据中的lncRNA进行分析，共检测到3652个lncRNA，其中356个显著上调，184个显著下调。进一步分析鉴定出311个显著差异的lncRNA，这些

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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