结核分枝杆菌感染野生型与IL-1R KO混合骨髓嵌合小鼠肺的CITE-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE254983

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

结核分枝杆菌（Mtb）每年导致160万人死亡。然而，结核病的发病机制仍知之甚少，并且未能在标准小鼠模型中得到完全再现。在此，我们报告，通过对三种不同的易感小鼠模型进行比较，识别出Mtb诱导的基因特征，这些特征在预测人类活动性结核病方面显著优于来自标准C57BL/6小鼠模型的特征。易感小鼠特征中的共同点是髓系细胞反应和免疫抑制基因。与这些特征一致，肺部髓系细胞（包括中性粒细胞）的增加在易感小鼠模型中保守存在，模拟了在人类中观察到的中性粒细胞性炎症。易感模型和非人灵长类动物中的髓系细胞表现出高表达免疫抑制分子，包括IL-1受体拮抗剂，其抑制IL-1信号传导。此前的报道曾提出，过度的IL-1信号传导会损害对Mtb的控制。相反，我们发现通过删除IL-1受体拮抗剂来增强IL-1信号传导，促进了所有三种易感小鼠模型中的细菌控制。

IL-1信号增强了淋巴样细胞和基质细胞产生细胞因子，提示IL-1信号促进结核分枝杆菌控制的机制。因此，我们提出髓系细胞表达免疫抑制分子是一种保守机制，加剧了小鼠、非人灵长类和人类的结核分枝杆菌疾病。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。