结核分枝杆菌表型与单细胞RNA-seq整合以探究体内宿主巨噬细胞异质性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE167232

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在过去几年中，scRNA-seq已被证明是剖析免疫环境在多种疾病中作用的重要工具。然而，对于传染病研究而言，由于缺乏关于感染病原体转录状态的信息，我们对不同免疫效应细胞在决定疾病控制与进展中作用的功能性理解受到限制。在本研究中，我们详细介绍了一种新方法，该方法将细菌适应性荧光报告菌株与scRNA-seq相结合，可同时获取每个感染细胞的宿主转录组、表面标志物表达及细菌表型。该方法有助于在体内剖析结核分枝杆菌感染肺泡巨噬细胞（AMs）和间质巨噬细胞（IMs）的功能异质性，并鉴定出与应激细菌相关的促炎性AMs簇，以及三种具有异质性细菌表型的IMs群体。

最后，我们证明肺部的主要巨噬细胞群体在对感染的应答中受到表观遗传限制，而种间比较揭示大多数肺泡巨噬细胞亚群在小鼠和人类之间是保守的。我们的方法易于转移到其他传染病病原体，有望更好地理解不同宿主细胞群体在感染过程中所起的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。