皮肤利什曼病局部皮肤炎症驱动慢性全身性IFN-g特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE162760

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

皮肤利什曼病是一种由产生IFN-γ的CD4+ T细胞在病灶内控制的局部感染。招募到病灶的吞噬细胞，如单核细胞，随后暴露于IFN-γ，触发其杀死胞内寄生虫的能力。与此一致，对患者病灶的转录分析发现存在强烈的干扰素刺激基因（ISG）特征。为了确定可能影响疾病的系统性反应，我们对巴西利什曼原虫感染患者及健康对照者的血液进行了RNA测序（RNA-seq）。功能富集分析确定，转录ISG特征为患者血液中的主导反应。根据我们的RNA-seq数据集估计，血液中单核细胞和巨噬细胞的增加与这一ISG特征呈正相关。与这一结果一致，患者血清中存在循环IFN-γ。在血液中也发现了细胞毒性特征，这是病灶的一个主要特征，并与细胞溶解性细胞丰度增加相关。

因此，在病灶中存在的两种转录特征在全身系统中也被发现，尽管差异表达基因(DEGs)的数量显著减少。最后，我们发现利什曼病中的DEGs和ISGs数量与结核病——另一种局部感染——相似，但明显少于疟疾中所观察到的。相反，在结核病或疟疾中并未发现细胞溶解特征及细胞溶解细胞丰度的增加。我们的结果表明，全身性特征能够反映利什曼病灶内发生的情况。此外，血液单核细胞和巨噬细胞中存在ISG特征表明，当这些细胞进入病灶时，它们可能已经处于准备控制寄生虫的状态。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。