GSE11199：利用人类巨噬细胞基因表达谱鉴定结核易感基因

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE11199

标准获取流程：

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数据说明

尽管宿主遗传学影响结核病的易感性，但决定疾病结局的基因却鲜有发现。我们假设，来自不同结核感染临床表现个体的巨噬细胞会具有不同的基因表达谱，并且这些基因的多态性也可能与结核病的易感性相关。我们测量了12名具有3种临床表型（潜伏性、肺结核和结核性脑膜炎，每组n=4）受试者体外Mtb刺激巨噬细胞中超过38,500个基因的表达水平。在识别出差异表达基因后，我们通过实时PCR在另外34名受试者中确认了这些结果。我们还采用病例对照研究设计，探究差异调控基因中的多态性是否与这些不同临床类型结核病的易感性相关。我们比较了Mtb刺激和未刺激巨噬细胞中的基因表达谱，分别识别出1608个和199个差异表达超过2倍和5倍的基因。通过聚类分析，我们识别出了能够区分不同临床类型结核病的基因表达模式。

在一个由34名个体组成的独立样本集以及一个高度调控基因子集中，90%的微阵列结果经RT-PCR证实，包括CCL1的表达水平，该表达水平可区分3个临床组。此外，在一项包含273例结核病例和188例对照的病例对照遗传关联研究中，发现CCL1中的6个单核苷酸多态性（SNPs）与结核病相关。据我们所知，这是首次鉴定CCL1为涉及宿主对结核病易感性的基因，也是首次结合微阵列和DNA多态性研究来鉴定与结核病易感性相关的基因。这些结果表明，全基因组研究可以提供一种无偏倚的方法来鉴定与不同临床结局相关的关键巨噬细胞反应基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。