H37Rv 与 H37Rv:deltadosR 限定缺氧模型时间进程

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-9331

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：上个世纪积累的大量证据表明，感染宿主内的低氧微环境与结核病的潜伏期之间存在联系。为验证这一关联，研究已确定了由双组分反应调节因子DosR控制的结核分枝杆菌初始低氧反应。在dosR缺失突变体中，初始低氧反应被完全阻断。方法/主要发现：我们在此展示，dosR缺失突变体在体外低氧条件下进入细菌静止状态，且活力仅相对轻度下降。在小鼠感染模型中，该突变体的表型与亲本菌株无法区分。这些结果表明，可能还有其他基因对于进入和维持细菌静止状态至关重要。对缺氧培养物的详细微阵列分析显示，DosR调节子的诱导是短暂的，近一半基因的诱导在24小时内恢复到基线水平。此外，在DosR介导的初始低氧反应之后，还出现了一波更大、持续性的基因表达。

这种持久性缺氧反应（EHR）由230个基因组成，这些基因在缺氧四天和七天时显著诱导，但在初始时间点并未诱导。这些基因中包括数量惊人的转录调节因子，它们可能控制着抑菌程序。我们发现，EHR独立于DosR介导的初始缺氧反应，因为在dosR突变体中EHR的表达几乎未改变。结论/意义：我们的结果提示需要重新评估DosR及初始缺氧反应在结核分枝杆菌（MTB）生理学中的作用。DosR可能并非主要在缺氧诱导的抑菌状态存活中发挥主要作用，而是调节一种在体外和小鼠感染中很大程度上可选的反应。对EHR的分析应有助于阐明结核分枝杆菌在面临氧缺乏时用于长期抑菌的关键调控因子和酶机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。