牛结核病抗性全基因组关联研究数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.519bm

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 88.2 MB。

数据说明

由牛分枝杆菌引起的结核病是一种再度出现的家畜疾病，在全球范围内具有重要的经济意义，同时也构成人畜共患风险。奶牛对牛结核病(bTB)的宿主抗性具有显著的遗传力。为鉴定bTB的抗性位点，我们对来自病例群的592例病例和559例年龄匹配的对照雌性荷斯坦-弗里生牛进行了全基因组关联研究。病例和对照分别被划分为不同的表型：皮肤试验和病变阳性 versus 多次皮肤试验阴性。这些动物使用Illumina Bovine HD 700K bead chip进行基因分型。使用线性和逻辑混合模型及回归的全基因组快速关联分析(GRAMMAR)、区域遗传力定位(RHM)和单倍型共享分析，鉴定出两个达到染色体水平显著性的新抗性位点，分别位于蛋白酪氨酸磷酸酶受体T(PTPRT；P=4.8 x 10-7)和肌球蛋白IIIB(MYO3B；P=5.4 x 10-6)。

我们估计，结核病抗性的表型变异中有21%可由所有信息性SNP解释，其中PTPRT基因所在区域占变异的6.2%，另有3.6%与MYO3B中一个推测的拷贝数变异(CNV)相关。本研究结果增进了我们对宿主感染控制变异的理解，并表明基于遗传标记的抗bTB选择有可能对bTB控制做出重要贡献。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。