支气管肺泡灌洗液单细胞转录组揭示间质性肺病中巨噬细胞亚群与轨迹分化
主题标签：间质性肺病、支气管肺泡灌洗、单细胞转录组、巨噬细胞亚群、细胞轨迹、scRNA数据。本数据集为呼吸系统疾病领域公开数据集，由Zenodo提供，主题涵盖间质性肺病。
基本信息
资源简介
支气管肺泡灌洗液单细胞转录组揭示间质性肺病中巨噬细胞亚群与轨迹分化
该数据集为一项聚焦间质性肺病（interstitial lung disease）的公开单细胞转录组资源，英文全称为 Single-cell transcriptomics of bronchoalveolar lavage reveals divergent macrophage subpopulations and trajectories in interstitial lung disease，由 Allen, Peter 与 Zhang, Lai-Ying 提交至 Zenodo 平台，发布时间为 2026 年。数据集围绕支气管肺泡灌洗（bronchoalveolar lavage，BAL）样本的单细胞 RNA 测序展开，重点刻画单核细胞来源巨噬细胞（monocyte-derived macrophages）的亚群划分与分化轨迹，并提供配套的细胞元数据、UMAP 降维嵌入以及基于 IPF GWAS 汇总统计的 scDRS 评分结果。数据以 Seurat 与 Scanpy 两种主流单细胞分析生态的对象格式分发，便于下游研究者直接加载复现或开展二次分析。本站将其归入呼吸系统疾病 / 其他分类，源站为 doi.org，整体面向间质性肺病、巨噬细胞异质性与细胞轨迹研究等方向。
【数据集背景】
间质性肺病是一组以肺间质受累为特征的呼吸系统疾病，支气管肺泡灌洗液能够相对无创地获取肺泡腔内的免疫细胞群体，是研究肺部免疫微环境的重要样本来源。单细胞转录组技术可在单个细胞层面解析细胞组成与状态差异，为识别疾病相关细胞亚群及其分化走向提供手段。该数据集对应一篇以支气管肺泡灌洗单细胞转录组为主题的研究论文，其核心关注点是巨噬细胞亚群的分化与轨迹差异，因而在呼吸系统疾病尤其是间质性肺病的研究语境中具有明确的主题定位。
【数据内容】
数据集包含多个文件：BAL_FINAL.rds 为覆盖全部数据的 Seurat 对象；BAL_FINAL.h5ad 为覆盖全部数据的 Scanpy 对象；BAL_FINAL_META.txt 提供每个细胞的元数据；mlm_umap_embeddings.csv 为单核细胞来源簇的 UMAP 嵌入坐标；mlm_cluster_metadata.csv 为单核细胞来源巨噬细胞的元数据；monomacs_only.rds 为仅含单核细胞样巨噬细胞（monocyte-like macrophages，MLMs）的 Seurat 对象；ipf_allen2022.full_score.gz 为使用 Richard Allen 等 2022 年 IPF GWAS 汇总统计对每个细胞计算得到的 scDRS 结果。上述文件共同构成从原始对象、元数据、降维坐标到疾病遗传评分的一套完整配套资源。
【采集与来源】
数据来源于支气管肺泡灌洗样本的单细胞 RNA 测序，相关研究论文由 Zhang 与 Allen 等撰写，发表于 PLOS ONE 2026。数据集通过 Zenodo 平台发布，来源站标注为 doi.org。样本采集的具体地点、受试者数量、测序平台与建库方案等信息源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于间质性肺病相关巨噬细胞亚群的识别与比较、单核细胞来源巨噬细胞分化轨迹的探索、单细胞数据的降维与聚类复现，以及借助 scDRS 评分将细胞状态与 IPF 遗传关联信号相联系的分析。研究者也可基于仅含单核细胞样巨噬细胞的子集对象开展聚焦分析，或利用细胞元数据与 UMAP 坐标进行可视化与分组统计。
【使用方法】
使用者可根据自身分析习惯选择 Seurat 或 Scanpy 生态：以 BAL_FINAL.rds 在 R 中加载完整 Seurat 对象，或以 BAL_FINAL.h5ad 在 Python 中加载完整 Scanpy 对象；细胞层面的注释信息可从 BAL_FINAL_META.txt 获取；若关注单核细胞来源巨噬细胞，可使用 monomacs_only.rds 及配套的 mlm_cluster_metadata.csv 与 mlm_umap_embeddings.csv；scDRS 评分文件 ipf_allen2022.full_score.gz 可按细胞对应关系与表达数据联合使用。具体分析流程与参数设置源站未提供。
【质量与限制】
数据集为预处理后的单细胞数据，包含完整的对象文件与元数据，便于直接使用。但样本量、测序深度、质控指标、批次信息以及预处理所采用的具体方法等源站未提供，使用者在跨数据集比较或推断群体代表性时需谨慎。此外，数据仅覆盖支气管肺泡灌洗样本，是否可外推至肺组织或其他样本类型源站未提供。
【引用与许可】
使用该数据集时应引用对应论文 Single-cell transcriptomics of bronchoalveolar lavage reveals divergent macrophage subpopulations and trajectories in interstitial lung disease（Zhang & Allen et al. PLOS ONE 2026），作者为 Allen, Peter 与 Zhang, Lai-Ying，发布机构为 Zenodo，发布时间 2026 年。数据采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可，允许在署名前提下使用与再分发。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.18626573
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 6.23 GB。
数据说明
该仓库包含来自手稿《Single-cell transcriptomics of bronchoalveolar lavage reveals divergent macrophage subpopulations and trajectories in interstitial lung disease》（Zhang & Allen等，PLOS ONE 2026）的预处理单细胞RNA数据。数据描述：BAL_FINAL.rds 包含整个数据集的Seurat对象；BAL_FINAL.h5ad 包含整个数据集的Scanpy对象；BAL_FINAL_META.txt 每个细胞的元数据；mlm_umap_embeddings.csv 单核细胞衍生簇的UMAP嵌入；mlm_cluster_metadata.csv 单核细胞衍生巨噬细胞元数据；monomacs_only.rds 包含单核细胞样巨噬细胞（MLMs）的Seurat对象；ipf_allen2022.full_score.gz 使用Richard Allen等2022年IPF GWAS汇总统计量对每个细胞进行scDRS分析的结果。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
