特发性肺纤维化的单细胞分析数据表

该数据为 Frontiers in Molecular Biosciences 论文的补充数据表,源自对特发性肺纤维化(IPF)炎症相关基因的生物信息学分析

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2023-06-06 更新
浏览 8
基因组预测idiopathic pulmonary fibrosisinflammationprognosticinterstitial lung diseasegene
Single Cell Analysis of Pulmonary Fibrosis

基本信息

模态
基因组
大小
0.000014397 GB
任务类型
预测
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2023-06-06
版本
v1

资源简介

特发性肺纤维化的单细胞分析数据表

DataSheet1_Development and Validation of the Prognostic Index Based on Inflammation-Related Gene Analysis in Idiopathic Pulmonary Fibrosis.docx

该数据为 Frontiers in Molecular Biosciences 论文的补充数据表,源自对特发性肺纤维化(IPF)炎症相关基因的生物信息学分析。研究从 GEO 下载外周血单个核细胞(PBMC)的 mRNA 表达数据,鉴定出 110 个差异表达的炎症相关基因(64 个上调、46 个下调),并系统分析其表达与预后价值,相关预后基因表达在作者队列中验证。数据可用于 IPF 炎症相关基因预后标志物的探索与验证(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

配套论文《Peripheral Blood Mononuclear Cell Gene Expression Profiles Predict Poor Outcome in Idiopathic Pulmonary Fibrosis》发表于 Science Translational Medicine(2013),DOI:10.1126/scitranslmed.3005964。源站首次发布:2021-07-22。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):背景:历史上,特发性肺纤维化(IPF)被认为是一种慢性炎症性疾病,但这一概念在过去几十年中被重新评估。我们对炎症在 IPF 中作用及其与临床意义关联的理解仍不完整。方法:我们从 Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载了外周血单个核细胞(PBMC)的 mRNA 表达数据。确定了 IPF 与对照(CTRL)之间差异表达的炎症相关基因(IRGs)。在本研究中,我们通过全面的生物信息学分析系统分析了差异表达 IRGs 的表达,然后研究了它们的潜在预后价值。相关的预后基因表达在我们的队列中进行了验证。结果:本研究鉴定了 110 个差异表达的 IRGs,包括 64 个上调和 46 个下调。

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 14.40 KB。数据集 DOI:10.3389/fmolb.2021.667459.s001。

【主题与分类】

源站学科分类:Biochemistry、Molecular Biology、Enzymes、Protein Trafficking、Proteomics and Intermolecular Interactions (excl. Medical Proteomics)、Receptors and Membrane Biology。主题标签:idiopathic pulmonary fibrosis、inflammation、prognostic、interstitial lung disease、gene。本站分类:呼吸系统疾病。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Biochemistry、Molecular Biology、Enzymes、Protein Trafficking、Proteomics and Intermolecular Interactions (excl. Medical Proteomics)、Receptors and Membrane Biology。

【获取与许可】

源站页面:https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/DataSheet1_Development_and_Validation_of_the_Prognostic_Index_Based_on_Inflammation-Related_Gene_Analysis_in_Idiopathic_Pulmonary_Fibrosis_docx/15033813

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Lu, Yanjiao; Chen, Jinkun; Tang, Kun; Wang, Shanshan; Tian, Zhen; Wang, Meijia; et al. (2021). DataSheet1_Development and Validation of the Prognostic Index Based on Inflammation-Related Gene Analysis in Idiopathic Pulmonary Fibrosis.docx. Frontiers. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-06,引用时请注意版本时效。

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curl -L -o "DataSheet1_Development and Validation of the Prognostic Index Based on Inflammation-Related Gene Analysis in Idiopathic Pulmonary Fibrosis.docx" "https://ndownloader.figshare.com/files/28911465"

文件清单

  • DataSheet1_Development and Validation of the Prognostic Index Based on Inflammation-Related Gene Analysis in Idiopathic Pulmonary Fibrosis.docx(14.40 KB)

文件总体积 14.40 KB(源站 API 实测)。

数据说明

背景:历史上,特发性肺纤维化(IPF)曾被认为是一种慢性炎症性疾病,但这一观念在过去几十年中得到了重新评估。我们对炎症在IPF中作用及其与临床意义关联的理解仍不完整。方法:我们从基因表达综合数据库(GEO)下载了外周血单个核细胞(PBMCs)的mRNA表达数据。确定了IPF与对照(CTRL)之间表达不同的炎症相关基因(IRGs)。在本研究中,我们通过全面的生物信息学分析系统分析了差异表达IRGs的表达,然后研究了它们潜在的预后价值。相关的预后基因表达在我们的队列中得到了验证。结果:本研究鉴定出110个差异表达的IRGs,包括64个上调IRGs和46个下调IRGs。三个IRGs(S100A12、CCR7和TNFSF4)被确定为潜在的预后枢纽基因。随后对这些基因进行了预后模型的构建。

在结果中,被归类为高风险的IPF患者与低风险患者相比,表现出较差的总生存率。基于该预后模型,在GSE28042队列中,1年、2年和3年生存率的生存依赖受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)分别为0.611、0.695和0.681。这些观察结果在GSE27957队列中得到验证,证实了该模型良好的预后效果。三个基因的表达在我们的队列中得到了验证。我们还基于三个IRGs的mRNA构建了列线图,用于定量IPF预后。结论:三个IRGs(S100A12、CCR7和TNFSF4)被确定为IPF预后的潜在标志物。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.3389/fmolb.2021.667459.s001(source: https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/DataSheet1_Development_and_Validation_of_the_Prognostic_Index_Based_on_Inflammation-Related_Gene_Analysis_in_Idiopathic_Pulmonary_Fibrosis_docx/15033813)。

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