模拟囊性纤维化肺缺氧应激条件下的铜绿假单胞菌蛋白质组

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD007233

标准获取流程：

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数据说明

铜绿假单胞菌是一种革兰氏阴性机会致病菌，也是单基因疾病囊性纤维化（CF）的主要病原体。高密度铜绿假单胞菌菌落常从CF患者呼吸道缺氧的黏液栓中分离获得，表明该菌具有高度适应能力。尽管该菌感染患病率高且相关患者死亡率高，但使其能够适应这种缺氧环境的蛋白质机器仍未完全阐明。我们通过SWATH质谱技术以及对TMT标记肽段进行数据依赖性SPS-MS3分析，对两株铜绿假单胞菌CF分离株PASS2和PASS3以及一株实验室参考菌株PAO1在模拟CF肺部营养成分的培养基中、缺氧应激（O2<1%）和常氧条件下生长的蛋白质组进行了分析研究。在所有三株菌中共定量了3,967种铜绿假单胞菌蛋白质（FDR<1%），约占PAO1预测ORF的71%，是迄今为止临床相关铜绿假单胞菌最全面的蛋白质组。

比较分析显示，当分别将PAO1、PASS2和PASS3在低氧与好氧生长条件下进行比较时，分别有735、640和364种蛋白质的表达量发生了两倍或以上的变化。引人注目的是，在低氧应激下，所有菌株均表现出好氧（cbb3-1和cbb3-2末端氧化酶）、厌氧反硝化及精氨酸发酵所需蛋白质丰度的同步增加，其中两株临床分离株在这些通路中蛋白质的相对表达量更高。此外，功能注释揭示，临床菌株在低氧条件下呈现出独特的复制、膜生物发生和毒力蛋白表达谱，这可能赋予这些细菌生存优势。这些蛋白质谱揭示了铜绿假单胞菌适应低氧机制的多样性，并表明囊性纤维化（CF）分离株启动了强大的分子反应以在这些条件下持续存活。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。